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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗
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查看: 2016  |  回复: 18
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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗

我的两个植物样，送去做microRNA的illumina HiSeq测序，公司给我送回来的数据是paired-end类型的，每个样品都有两个同样大小的序列文件，分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。
现在在前期过滤序列时遇到了问题了，同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样，过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一个样品的一份数据，这样在最终获得clean reads时，就需要有所取舍，现在不知道该怎么办了，求教各位大牛赐教？！
我现在有三种想法：1. 保留一份数据；2. 把两份数据加和起来；3. 保留两个文件中相同的序列的一份，外加不同的质量高的那条序列（这个难度比较大，还没想好怎么做）。
以前看过microRNA的文献资料描述的基本都是single end的，很少看到paired-end的，如果有人有这方面的文献资料或好的软件，也可以分享给我啊，先谢谢诸位了！
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miRNA测序数据分析

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每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-02-28 14:52:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

XOooZzz

银虫 (小有名气)
能不能贴一小段上来看看是什么样子的？我最近在学编程，看能不能给你写个小程序
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11楼2014-03-02 12:41:11
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中丘子

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+1, ★有帮助, 感谢参与 2014-02-28 21:13:36
你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-02-28 16:53:33
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中丘子

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-02-28 16:54:20
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
请问为啥microRNA 还要测PE呢?
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4楼2014-02-28 21:02:55
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 中丘子 at 2014-02-28 16:53:33
你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

这个他们当时大概分析了一下，但感觉他们给的数据和图片都很粗糙，于是想自己分析一下。
向公司请教这个倒是可以有，我试试。
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每天都为自己的无知而羞耻！
5楼2014-02-28 21:12:44
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2014-02-28 21:02:55
请问为啥microRNA 还要测PE呢?

失误吧，老板当时不太懂，直接交给公司的，没想到拿到数据是paired-end的
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每天都为自己的无知而羞耻！
6楼2014-02-28 21:15:46
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我想向lz请教一下，paired end的microRNA数据是怎么样的呢？测的是microRNA成熟体？那读长不是很短？
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7楼2014-03-01 00:08:24
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-03-01 00:08:24
我想向lz请教一下，paired end的microRNA数据是怎么样的呢？测的是microRNA成熟体？那读长不是很短？

是的，读长很短，两个文件数据分别去掉接头后，对应序列等长且反向互补。
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每天都为自己的无知而羞耻！
8楼2014-03-01 11:46:27
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+1, ★有帮助, 多谢关注！ 2014-03-02 11:13:01
yuehedou: 金币+2, ★有帮助, 加油 2014-03-03 15:05:53
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励交流 2014-03-03 18:38:24
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢参与讨论！ 2014-03-05 09:39:24
我没接触过，不懂，但同意方法3。
“保留两个文件中相同的序列的一份”这一步应该不难；
“外加不同的质量高的那条序列”这一步，不知道是怎么看到测序质量的信息的？
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9楼2014-03-01 12:47:33
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-03-01 12:47:33
我没接触过，不懂，但同意方法3。
“保留两个文件中相同的序列的一份”这一步应该不难；
“外加不同的质量高的那条序列”这一步，不知道是怎么看到测序质量的信息的？

fastq文件，第四行就是质量值啊！
想这样做，但没找到具有这种功能的软件……自己的编程能力恐怕还做不到这一点，纠结中……
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每天都为自己的无知而羞耻！
10楼2014-03-02 11:12:24
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