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wangguosing

金虫 (正式写手)

[求助] 做高通量测序热图前,数据中为什么会有负值,怎么算的 已有2人参与

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a2genomics

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log2了
2楼2015-04-16 09:27:35
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wangguosing

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by a2genomics at 2015-04-16 09:27:35
log2了

怎么会有负值呢

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-04-16 09:50:54
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangguosing: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-16 15:18:11
有负值也没问题的,在数据标准化时,取了log(2)。
直接做聚类热图就可以,没有问题的。
有一个国产的云生信平台,可以在线做热图分析,只要输入数据即可。
网址:http://www.biocloudservice.com
你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-04-16 09:53:00
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a2genomics

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 09:50:54
怎么会有负值呢
...

log2(1)=0

log2(<1)<0

log2(0)=-inf

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2015-04-16 09:54:10
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wangguosing

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by a2genomics at 2015-04-16 09:54:10
log2(1)=0

log2(<1)<0

log2(0)=-inf...

需要的数据是序列的数量吗

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2015-04-16 15:00:23
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wangguosing

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-04-16 09:53:00
有负值也没问题的,在数据标准化时,取了log(2)。
直接做聚类热图就可以,没有问题的。
有一个国产的云生信平台,可以在线做热图分析,只要输入数据即可。
网址:http://www.biocloudservice.com

测序最少就是一天,怎么会有小于1呢

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-04-16 16:09:24
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wangguosing

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 16:09:24
测序最少就是一天,怎么会有小于1呢
...

一条

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-04-16 16:09:37
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wangguosing

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-04-16 09:53:00
有负值也没问题的,在数据标准化时,取了log(2)。
直接做聚类热图就可以,没有问题的。
有一个国产的云生信平台,可以在线做热图分析,只要输入数据即可。
网址:http://www.biocloudservice.com

最少一条序列,怎么少于1

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2015-04-16 16:10:51
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a2genomics

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wangguosing: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-16 22:17:25
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 16:09:24
测序最少就是一天,怎么会有小于1呢
...

那个是FPKM,对基因长度做过normalization的。一堆小于1的。一半左右吧。。。
10楼2015-04-16 19:03:39
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