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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 做高通量测序热图前，数据中为什么会有负值，怎么算的
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wangguosing

金虫 (正式写手)

[求助] 做高通量测序热图前，数据中为什么会有负值，怎么算的 已有2人参与

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1楼 2015-04-15 22:38:11
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a2genomics

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log2了
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2楼2015-04-16 09:27:35
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wangguosing

金虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by a2genomics at 2015-04-16 09:27:35
log2了

怎么会有负值呢

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3楼2015-04-16 09:50:54
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

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wangguosing: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-16 15:18:11
有负值也没问题的，在数据标准化时，取了log（2）。
直接做聚类热图就可以，没有问题的。
有一个国产的云生信平台，可以在线做热图分析，只要输入数据即可。
网址：http://www.biocloudservice.com
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-04-16 09:53:00
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a2genomics

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3楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 09:50:54
怎么会有负值呢
...

log2(1)=0

log2(<1)<0

log2(0)=-inf
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wangguosing
5楼2015-04-16 09:54:10
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wangguosing

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5楼: Originally posted by a2genomics at 2015-04-16 09:54:10
log2(1)=0

log2(<1)<0

log2(0)=-inf...

需要的数据是序列的数量吗

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6楼2015-04-16 15:00:23
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wangguosing

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4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-04-16 09:53:00
有负值也没问题的，在数据标准化时，取了log（2）。
直接做聚类热图就可以，没有问题的。
有一个国产的云生信平台，可以在线做热图分析，只要输入数据即可。
网址：http://www.biocloudservice.com

测序最少就是一天，怎么会有小于1呢

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7楼2015-04-16 16:09:24
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wangguosing

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7楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 16:09:24
测序最少就是一天，怎么会有小于1呢
...

一条

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8楼2015-04-16 16:09:37
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wangguosing

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4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-04-16 09:53:00
有负值也没问题的，在数据标准化时，取了log（2）。
直接做聚类热图就可以，没有问题的。
有一个国产的云生信平台，可以在线做热图分析，只要输入数据即可。
网址：http://www.biocloudservice.com

最少一条序列，怎么少于1

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9楼2015-04-16 16:10:51
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a2genomics

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wangguosing: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-16 22:17:25
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7楼: Originally posted by wangguosing at 2015-04-16 16:09:24
测序最少就是一天，怎么会有小于1呢
...

那个是FPKM，对基因长度做过normalization的。一堆小于1的。一半左右吧。。。
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10楼2015-04-16 19:03:39
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