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奋斗的一匹马

新虫 (小有名气)

[交流] 16s rRNA基因的V3区,VI-V3区,V3-V4区,测序区别? 已有4人参与

微生物高通量测序时,有时扩增16s rRNA基因的V3区,VI-V3区,V3-V4区,这三种类型是什么区别?
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江云儿小郭郭

银虫 (正式写手)


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最近还听说了测v4v5的

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2楼2016-10-23 23:26:57
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无知的小强

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
长短不一样,遗传信息就不一样;变异频率也不一样

发自小木虫Android客户端
Behind the mask is an idea, and ideas are bulletproof.
3楼2016-10-24 09:52:10
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
用这3个都可以检测出细菌微生物。
在高通量测序时,对于测序区域的选择,通常需考虑以下几点:
1 测序长度。现在大多都用Illumina来测,正反双端测序,不同仪器,能测的长度不一样。如果测序的区域较长,超出了测序仪的范围,那么在测时只能测一段,而在生物信息分析时拼不完整,对于后续分析有较大问题。
2 测序质量。序列长度越长,后面的测序质量会越差,测的质量差的序列,在分析时会删除。在测序时,尽可能选择测出的较多的质量好的区域。
3 数据库。我们测完后是需要将序列放到数据库中进行比对的。所用的区域在数据库中的信息越多越好。
具体的你可以看一下我们公司录制的视频,下面是地址
http://www.tinygene.com/technical-support/video-data
专注微生物多样性分析QQ2758452825
4楼2016-10-25 10:20:38
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fanfan9056

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引物的选择跟测序平台,数据库有比较大的关系。
5楼2016-10-25 14:41:22
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奋斗的一匹马

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 江云儿小郭郭 at 2016-10-23 23:26:57
最近还听说了测v4v5的

测古菌

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6楼2016-10-25 15:09:53
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江云儿小郭郭

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 奋斗的一匹马 at 2016-10-25 15:09:53
测古菌
...

只能测古菌还是细菌和古菌同时测?

发自小木虫Android客户端
7楼2016-10-25 19:19:13
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fanfan9056

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 奋斗的一匹马 at 2016-10-25 15:09:53
测古菌
...

古菌有相关的功能引物。
8楼2016-10-26 16:16:48
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奋斗的一匹马

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 微基生物 at 2016-10-25 10:20:38
用这3个都可以检测出细菌微生物。
在高通量测序时,对于测序区域的选择,通常需考虑以下几点:
1 测序长度。现在大多都用Illumina来测,正反双端测序,不同仪器,能测的长度不一样。如果测序的区域较长,超出了测 ...

谢谢回复,
9楼2020-09-06 10:26:59
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