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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 16s rRNA测序图不会看ＯＴＺ
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kero酱

铜虫 (初入文坛)

[求助] 16s rRNA测序图不会看ＯＴＺ 已有1人参与

各位大神～我是今年刚跳入火坑的研一新生一枚·····
导师让我分离鉴定某种菌
我从鱼的组织里分离出了一株菌·····然后提取了细菌的全基因组，接着送去了测序····
测序公司给我返回了测序的结果··
请问接下来我要怎样才能知道这菌是属于哪个属啊？
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1楼 2015-01-06 10:30:32
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jingrong978

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dllchina: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-06 22:14:07
kero酱: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-01-08 10:17:54
您好，我说的只供您参考一下。我做的是常规测序，是双脱氧末端终止法测定，您可以先用chromas软件打开测序峰图，因为返回到结果前面50bp左右不准确，后面的就有差异了，我一般是后面的660或是700之后的都会去掉。之后全部换成fasta格式保存成txt文本，然后跟ncbi上进行blast或是上传到RDP数据库，或是上传到EzBioCloud进行比对，这样就知道了。这是我做的。但是我不知道你的可不可以用这种方法，所以您可以先看一下。
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攻读海洋石油降解菌研究
2楼2015-01-06 15:20:37
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kero酱

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jingrong978 at 2015-01-06 15:20:37
您好，我说的只供您参考一下。我做的是常规测序，是双脱氧末端终止法测定，您可以先用chromas软件打开测序峰图，因为返回到结果前面50bp左右不准确，后面的就有差异了，我一般是后面的660或是700之后的都会去掉。之 ...

非常感谢！
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3楼2015-01-08 10:16:56
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jingrong978

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kero酱 at 2015-01-08 10:16:56
非常感谢！...

不客气，相辅相成。

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攻读海洋石油降解菌研究
4楼2015-01-08 10:37:45
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DoRbIr

金虫 (正式写手)
16S怎么是全基因组送去测序啊，应该用16S引物扩增一下，连接到载体再测序啊
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5楼2015-01-08 21:16:16
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lucas314

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-01-09 14:32:17
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