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kero酱

铜虫 (初入文坛)

[求助] 16s rRNA测序图不会看OTZ 已有1人参与

各位大神~我是今年刚跳入火坑的研一新生一枚·····
导师让我分离鉴定某种菌
我从鱼的组织里分离出了一株菌·····然后提取了细菌的全基因组,接着送去了测序····
测序公司给我返回了测序的结果··
请问接下来我要怎样才能知道这菌是属于哪个属啊?
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jingrong978

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kero酱 at 2015-01-08 10:16:56
非常感谢!...

不客气,相辅相成。

[ 发自小木虫客户端 ]
攻读海洋石油降解菌研究
4楼2015-01-08 10:37:45
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查看全部 6 个回答

jingrong978

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dllchina: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-06 22:14:07
kero酱: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-01-08 10:17:54
您好,我说的只供您参考一下。我做的是常规测序,是双脱氧末端终止法测定,您可以先用chromas软件打开测序峰图,因为返回到结果前面50bp左右不准确,后面的就有差异了,我一般是后面的660或是700之后的都会去掉。之后全部换成fasta格式保存成txt文本,然后跟ncbi上进行blast或是上传到RDP数据库,或是上传到EzBioCloud进行比对,这样就知道了。这是我做的。但是我不知道你的可不可以用这种方法,所以您可以先看一下。
攻读海洋石油降解菌研究
2楼2015-01-06 15:20:37
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kero酱

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jingrong978 at 2015-01-06 15:20:37
您好,我说的只供您参考一下。我做的是常规测序,是双脱氧末端终止法测定,您可以先用chromas软件打开测序峰图,因为返回到结果前面50bp左右不准确,后面的就有差异了,我一般是后面的660或是700之后的都会去掉。之 ...

非常感谢!
3楼2015-01-08 10:16:56
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DoRbIr

金虫 (正式写手)

16S怎么是全基因组送去测序啊,应该用16S引物扩增一下,连接到载体再测序啊
5楼2015-01-08 21:16:16
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