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海燕kia

木虫 (小有名气)

[求助] 16S rRNA的二级结构如何预测 已有2人参与

我扩增得到了某株菌的16S rRNA基因脱氧核糖核苷酸序列。这段16S rRNA基因脱氧核糖核苷酸序列会转录生成参与核糖体构建的16S rRNA。16S rRNA核糖核苷酸序列是单链,但其中的A/G/C/U四种碱基也会通过碱基配对形成局部的二级结构。请大家帮忙告知一下如何通过软件预测16S rRNA核糖核苷酸序列的二级结构。希望知道的好友告诉我一下详细的操作流程。谢谢!
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-26 23:53:20
DNAstar,RNAstructure,RNAdraw都可以用于16S rRNA的二级结构预测,具体软件说明,你搜一下站里,能找到。
2楼2014-04-26 22:22:11
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流! 2014-04-26 23:53:38
16S rRNA是参与核糖体小亚基的组装的RNA,其二级结构并非软件预测能够实现的,原因有2
1 rRNA中存在大量RNA修饰,RNA editing,影响配对
2 核糖体中大量而广泛的蛋白质-RNA相互作用,限制了rRNA的结构
核糖体中RNA二级结构的实验检测,主要是ss区还是ds区,从很老的paper到现在,一直在进行。你需要找文献。
3楼2014-04-26 23:09:23
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