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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 16S rRNA的二级结构如何预测
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海燕kia

木虫 (小有名气)

[求助] 16S rRNA的二级结构如何预测 已有2人参与

我扩增得到了某株菌的16S rRNA基因脱氧核糖核苷酸序列。这段16S rRNA基因脱氧核糖核苷酸序列会转录生成参与核糖体构建的16S rRNA。16S rRNA核糖核苷酸序列是单链，但其中的A/G/C/U四种碱基也会通过碱基配对形成局部的二级结构。请大家帮忙告知一下如何通过软件预测16S rRNA核糖核苷酸序列的二级结构。希望知道的好友告诉我一下详细的操作流程。谢谢！
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1楼 2014-04-26 13:53:17
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-26 23:53:20
DNAstar,RNAstructure,RNAdraw都可以用于16S rRNA的二级结构预测，具体软件说明，你搜一下站里，能找到。
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2楼2014-04-26 22:22:11
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流！ 2014-04-26 23:53:38
16S rRNA是参与核糖体小亚基的组装的RNA，其二级结构并非软件预测能够实现的，原因有2
1 rRNA中存在大量RNA修饰，RNA editing，影响配对
2 核糖体中大量而广泛的蛋白质-RNA相互作用，限制了rRNA的结构
核糖体中RNA二级结构的实验检测，主要是ss区还是ds区，从很老的paper到现在，一直在进行。你需要找文献。
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3楼2014-04-26 23:09:23
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