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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16s rRNA基因的V3区，VI-V3区，V3-V4区，测序区别？
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奋斗的一匹马

新虫 (小有名气)

[交流] 16s rRNA基因的V3区，VI-V3区，V3-V4区，测序区别？ 已有4人参与

微生物高通量测序时，有时扩增16s rRNA基因的V3区，VI-V3区，V3-V4区，这三种类型是什么区别？
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1楼 2016-10-23 11:19:11
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fanfan9056

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引物的选择跟测序平台，数据库有比较大的关系。
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5楼2016-10-25 14:41:22
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江云儿小郭郭

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最近还听说了测v4v5的

发自小木虫Android客户端
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2楼2016-10-23 23:26:57
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无知的小强

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
长短不一样，遗传信息就不一样；变异频率也不一样

发自小木虫Android客户端
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Behind the mask is an idea, and ideas are bulletproof.
3楼2016-10-24 09:52:10
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用这3个都可以检测出细菌微生物。
在高通量测序时，对于测序区域的选择，通常需考虑以下几点：
1 测序长度。现在大多都用Illumina来测，正反双端测序，不同仪器，能测的长度不一样。如果测序的区域较长，超出了测序仪的范围，那么在测时只能测一段，而在生物信息分析时拼不完整，对于后续分析有较大问题。
2 测序质量。序列长度越长，后面的测序质量会越差，测的质量差的序列，在分析时会删除。在测序时，尽可能选择测出的较多的质量好的区域。
3 数据库。我们测完后是需要将序列放到数据库中进行比对的。所用的区域在数据库中的信息越多越好。
具体的你可以看一下我们公司录制的视频，下面是地址
http://www.tinygene.com/technical-support/video-data
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专注微生物多样性分析QQ2758452825
4楼2016-10-25 10:20:38
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