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xms0422铁虫 (小有名气)
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求助引物设计相关问题 已有3人参与
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| 本人生物学小白一个，然而毕业课题是这方面的，在设计引物时遇到了一些问题，请教各位大神。我需要P一段基因，并将其表达，是否只能从orf上面一段抄基因设计上游引物，从末端往前抄涉及下游引物，为什么在NCBI上设计引物会有在中间段开始的呢？另外，我从ATG往后和TAA往前分别设计了一段引物，但是GC含量较低，一条为35%,一条为47%，是否可行？GC含量低导致Tm值也较低，一条为54，一条为56.请教各位大神，这样设计出来的引物是否可行？ |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-16 07:57:05
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xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-16 07:57:05
| Primer design depends on what sequence you need to amplify. The sequence of primer is depending on how to get the results of specific DNA amplification. it is really case to case , you cannot guess why this primer works while mine doesnot . It is really need to see the situation of your gene. Please let me know what is going on. |
2楼2016-09-16 05:31:32
xms0422
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7楼2016-09-16 17:55:14
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【答案】应助回帖
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1.引物设计的原则，这个网址比较全面，你可以参考一下：http://www.bbioo.com/experiment/12-810-1.html 引物序列的GC含量一般为40-60%，所以你的GC含量不符合，你可以将设计的引物进行编辑，就是改变个别碱基，使GC含量在40-60% 2.Tm=4（G+C）+2（A+T），所以有效引物的Tm为55~80℃，最好接近72℃以使复性条件最佳。所以你的Tm值不在合适的范围。当你改变GC的含量时，Tm 值也会改变。 3.扩增序列应该称为目的基因,目的基因一般都上万bp,从两头开始当然不合适. |
8楼2016-09-27 09:47:18