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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问如何用Autodock 4处理蛋白中的金属离子
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hanxuan8912

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用Autodock 4处理蛋白中的金属离子已有2人参与

在蛋白中有Zn离子,在活性中心,对接时要考虑金属原子与配体的作用，应该如何改脚本呢？还有钙离子，铁离子，锰离子！
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因为梦想所以选择远方，因为孤独，所以选择坚强：没有比人更高的山没有比较更长的路，梦想与现实总有接壤的地方！
1楼2013-11-08 21:13:15
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-09 15:58:49
转化成AD4型的原子就行吧，可以先拿标准物对照下，别人发的paper上应该有做好的对接，你也自己尝试下看看结果是不是一样，
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
2楼2013-11-09 10:36:51
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hanxuan8912

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-11-09 10:36:51
转化成AD4型的原子就行吧，可以先拿标准物对照下，别人发的paper上应该有做好的对接，你也自己尝试下看看结果是不是一样，

但是像Zn之类的原子是不是还要重新定义呀？怎么定义呢？
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因为梦想所以选择远方，因为孤独，所以选择坚强：没有比人更高的山没有比较更长的路，梦想与现实总有接壤的地方！
3楼2013-11-09 15:17:12
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-10 08:44:49
主要是在adt原文件添加金属离子的相关参数，然后修改gpf、glg文件就可以对接了
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4楼2013-11-09 19:23:36
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匿名

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5楼2014-11-06 09:36:09
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 宝马bm at 2014-11-06 09:36:09
这参数是指元素类型，电荷么？听别人说还得有well depth参数，但我还没解决...

不只是电荷，还包括其他元素信息，主要添加在adt-pameter里面
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6楼2014-11-07 11:31:16
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