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我是一只老年

新虫 (初入文坛)

[交流] 板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段 已有5人参与

我要在PCS2+上连接nrf2a和gfp目的基因,其中nrf2a已经连接上,现在要连接gfp,设计了两个酶切位点,not1和sac2,可是这两个酶切位点很相近。
现在nrf2a连接上了,要连接gfp了,用takara的T4连接酶22度连接了2小时,涂氨苄板子,放于37度培养了14h左右,长出了菌落,但是菌落都是呈现那种半透明的样子。用引物PCS2+-F和M13-R扩增,只有1761左右的nrf2a大小,gfp并没有连接上。到底什么原因?求助连接体系怎么确定啊?

板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段
浓度.jpg


板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段-1
链接公式.jpg


板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段-2
链接体系.jpg


板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段-3
板子.jpg


板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段-4
PCR程序.jpg


板子上长出菌落,但是菌落PCR没有得到目的片段-5
nrf2a-gfp-pcs2+ pcr.jpg
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反应链

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
The ligation system worked perfectly. The problem came from the double digestion reaction incompletely. Therefore, you could digest the backbone vector in two single digestion reaction step by step. Anyway, please set up the negative control just without insert DNA, which is used for the identification of digestion efficiency.
3楼2016-01-19 12:04:27
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xiangyingliu

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
not1这个酶酶切效率不高,建议延长酶切时间,也有可能是两个酶切为点太近,你可以分别单酶切,

发自小木虫Android客户端
2楼2016-01-19 11:15:36
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分子2010

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
菌液PCR可能不太好用, 可以多挑几个酶切鉴定
科研是条不归路!
4楼2016-01-20 08:04:20
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守望海贝

捐助贵宾 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序就知道有没有连上了
7楼2016-01-22 11:58:48
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