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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR退火温度设定多少合适
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i760912798

木虫 (正式写手)

[求助] PCR退火温度设定多少合适 已有11人参与

我刚到拿到合成的引物，引物合成单上的一条引物的Tm值为54℃，一条引物Tm值为50℃，pcr退火温度设定多少合适？我想设定退火温度为53℃，不知道是否合适？
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1楼 2015-12-19 18:59:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

SorryJ

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这引物怎么设计的啊？才50°的退火温度。你引物不会低于16nt吧？一般在60左右比较好。你这种情况个人觉得用50度试试，如果不行，设置一个梯度实验，45~55之间吧！

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5楼2015-12-20 00:13:17
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普通回帖

取个什么名啊

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个你做一个梯度pcr，摸一下退火温度，跑个胶看一下就行了

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2楼2015-12-19 19:08:17
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科学小覃

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
退火温度以TM值较小的为准，退火温度一般设为比TM值小5-10度，最佳温度得实验摸索。你这对我看设45度较合适。
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生物科学
3楼2015-12-19 20:39:50
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 科学小覃 at 2015-12-19 20:39:50
退火温度以TM值较小的为准，退火温度一般设为比TM值小5-10度，最佳温度得实验摸索。你这对我看设45度较合适。

45℃，你确定？

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4楼2015-12-19 23:18:42
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ncuskxinxin

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般50到55最好，如果这个区间不能扩增出来，其他的也够呛了

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6楼2015-12-20 00:36:45
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glove94

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以的话，摸梯度的时候温度跨度可以大一点，47～57度试试，不过最有可能的Tm可能就是在50～54之间

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7楼2015-12-20 00:51:13
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邬家栋2014

银虫 (初入文坛)
取平均52就OK

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8楼2015-12-20 01:04:07
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科学小覃

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yvonne9044 at 2015-12-19 23:18:42
45℃，你确定？
...

退火温度不可能比TM值大，但又不能太低，你这对引物只能是45度左右了。可以上下调整2度。
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生物科学
9楼2015-12-20 08:17:36
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maboya2008

铜虫 (小有名气)
合成单上的只是参考，不同方法计算出来的TM值都不一样，我之前在不同的公司合成的同一引物，给的TM值都不一样。还是建议你自己做个梯度吧

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哈
10楼2015-12-20 09:20:59
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