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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR后琼脂糖凝胶电泳的胶浓度与DNA ladder 大小有什么关系呢？
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JULIA606

新虫 (小有名气)

[求助] PCR后琼脂糖凝胶电泳的胶浓度与DNA ladder 大小有什么关系呢？ 已有7人参与

各位大侠，新手最近因实验需要基因鉴定进行PCR后电泳，目的基因在290-370bp之间，目前用的100bp ladder,1%琼脂糖，跑了几次后发现 ladder在目的段跑的不是很开，区分不大，不知道琼脂糖凝胶电泳的胶浓度与DNA ladder 大小有什么关系呢？鉴于经验有限，再次请教各位，期待大家的建议与指导~~！~O(∩_∩)O~
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1楼 2015-12-15 20:15:48
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by oliviashane at 2015-12-16 01:44:37
膠的?舛扰c目的基因的大小有關，bp數大的用?舛鹊偷哪z跑，阻力小跑的快，反之bp數小的就用高?舛鹊哪z，跑得慢，條帶分離的清楚。

打算试试不同浓度的胶跑跑ladder看
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3楼2015-12-16 08:44:16
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by Heao_ at 2015-12-16 11:09:46
我觉得换个电压试试看

Protocol上给的是120V 1h,我都是跑了50min左右，查了一些说法是：根据正负极间的距离5-8V/cm，但是不明白的地方是这个距离是指垂直距离还是直线距离呢。。。我用的电泳槽正负极间的垂直距离12cm+。查看说是跑的慢条带会比较清楚好看。
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5楼2015-12-16 22:03:26
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by oliviashane at 2015-12-16 01:44:37
膠的?舛扰c目的基因的大小有關，bp數大的用?舛鹊偷哪z跑，阻力小跑的快，反之bp數小的就用高?舛鹊哪z，跑得慢，條帶分離的清楚。

今天有用2.5%琼脂糖做胶，但微波至透明太后感觉还是有点粘稠。。在溶琼脂的过程中是用一次性手套套着皮筋在100ml烧杯上,含1*TAE100ml, 溶了后琼脂糖体积会有减少，其浓度也会更浓吧？这个问题如何解决比较好？
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6楼2015-12-16 22:07:24
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 暮色西荷 at 2015-12-16 22:56:35
maker的大小是固定的，与胶浓度没有关系；maker跑不开可以多跑会或者换浓度大的胶

这不是前后矛盾了么。。。浓度。。
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23楼2015-12-17 17:58:20
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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10?: Originally posted by oliviashane at 2015-12-17 01:49:42
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24楼2015-12-17 18:00:26
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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12楼: Originally posted by z631535213 at 2015-12-17 07:03:30
我PCR产物长度为180bp左右，选用的Mark为50bp。胶用的2.5%，电压一般是按电极丝之间的距离来算。加热之前连瓶子带溶液称重一次，加热溶解结束后在称重，补水至原重量。加热的时候用保鲜膜密封单层，然后用移液枪头在 ...

今天也是这样做胶的，但感觉还是不太好：微波后胶依然有溢出量有减少，按重量补水后玻璃棒搅拌，感觉胶的状态不是很均匀，不知道是不是在凝的原因。还有什么建议吗？感谢赐教！
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25楼2015-12-17 18:20:07
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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13楼: Originally posted by z631535213 at 2015-12-17 07:06:47
还有不要用一次性手套，那是双层的，扎空的话加热过程中上下孔会移动，可以处理一下弄个单层的

之前用的一次性手套也是单层的，是透明的PE材质的那种，就是手套罩起来确实会积攒一些胶液
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26楼2015-12-17 18:22:11
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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14楼: Originally posted by lvsecaihong at 2015-12-17 09:11:51
我的片段在280bp左右，用的是2%的琼脂糖胶。效果还好。你加热溶琼脂糖的时候用锡纸包住瓶口，微波炉打两分钟就好，溶液少不了多少。

2min真心溶不彻底啊。。。多次加热溶胶后还是可见胶冻状的残留。。还是用锡纸封口后会有这种不一样的效果？
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27楼2015-12-17 18:24:23
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JULIA606

新虫 (小有名气)
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15楼: Originally posted by joeming123 at 2015-12-17 12:04:00
用2%或者2.5%的琼脂糖胶（2g或2.5g胶粉+100ml 1xTAE）.煮沸几次，至胶溶液中没有固体为止。

用一般的电泳仪120v。1h左右就行。

今天试了2%琼脂糖胶（1.6g胶粉+80ml1*TAE），电压100V,跑了1H,结果ladder跑的根本不能看。。。
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28楼2015-12-17 18:26:25
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