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凯伦爱佳佳

金虫 (正式写手)

[求助] 荧光定量,ABI的机子、用的染料,扩增曲线和熔解曲线怎么成了这个样子已有2人参与

前期摸索中,普通PCR温度梯度60℃。
模板试过稀释了5倍和10倍,20ul体系,95℃5min,95℃10s,60℃ 10s,72℃ 15s,40个循环。
荧光定量产物电泳条带为目的条带,使用过八连管,染料是罗氏的。

荧光定量,ABI的机子、用的染料,扩增曲线和熔解曲线怎么成了这个样子
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荧光定量,ABI的机子、用的染料,扩增曲线和熔解曲线怎么成了这个样子-1
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

5楼2015-12-15 10:40:01
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 凯伦爱佳佳 at 2015-12-15 10:31:03
管子问题?染料问题?体系问题?模板问题?操作问题?

你的引物是自己设计的还是买的

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6楼2015-12-15 10:41:24
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还有这个循环的时间似乎有点短,我自己做通常退火和延伸时间在30s~60s

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7楼2015-12-15 10:50:24
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 凯伦爱佳佳 at 2015-12-15 10:53:35
感觉这个时间,体现不出荧光定量机子相对于普通PCR的优越性。。。。原来用过罗氏480的,也是这个时间可以的。...

熔解曲线的特异性很低,也就是扩增产物不单一,那么可能是引物设计的特异性不好,cycle没有跑好,还有就是cDNA降解,cycle的话要不然就是酶量问题,要不然就是cycle的周期扩增曲线不平滑,也就是有样品没有没有参与到某几个cycle里,但是我觉得如果mix是可靠的话,那么cycle时间出问题的可能性比较高。

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11楼2015-12-15 11:03:28
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

如果电泳条带比较单一,那扩增产物可能是长度类似但是CG含量不单一的片段,那么这样看来或许是引物设计的特异性问题

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18楼2015-12-15 16:11:15
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

听说有些定量PCR试剂盒挑机子,不知道你这个有没有这种问题

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19楼2015-12-15 16:12:27
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GuanwenQ

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
20楼: Originally posted by 凯伦爱佳佳 at 2015-12-15 17:11:07
难道前面不平滑的部分都是别的片段么...

理论上说,熔解曲线出一个峰就是一种产物

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22楼2015-12-15 21:29:34
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