应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 已知一个基因通过转录组获得的cDNA序列，如何设计引物克隆这个基因
201/2返回列表12下一页
查看: 8462  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

crab1983

铜虫 (小有名气)

[求助] 已知一个基因通过转录组获得的cDNA序列，如何设计引物克隆这个基因 已有1人参与

我手里有想要克隆的基因的转录组获得的cDNA序列，但不知道如何设计引物。我看有的人用RACE的方法克隆全长，我不需要克隆全长。我原来以为，把拿到的转录组的这个cDNA序列直接设计引物就行，但是我看到很多文献，都是找出开放阅读框来设计引物的。所以现在不知道该怎么做了，太着急了。请给位大侠帮帮忙。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-12-14 18:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jianguochen

新虫 (小有名气)
主要还是看你扩增出来的序列用于做什么，表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框，哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-12-14 18:39:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
crab1983: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-03-11 15:14:49
先用你的序列做blastx，看是否含有完整ORF，看编码区的具体位置，然后再根据你的需要设计引物，做定量的话，不需要有完整ORF，但是如果做表达研究功能，那需要有完整ORF，如没有，就做RACE扩全长。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-12-15 11:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yvonne9044

新虫 (正式写手)
有转录组就不用做race了吧？我就用转录组数据设计的引物

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-12-15 22:31:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianguochen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by crab1983 at 2015-12-15 17:51:01
我就是要这个基因克隆出来，然后转到拟南芥里面，鉴定一下。该怎么做呀？
...

转到拟南芥里做表达的话，就扩增完整的ORF，需要的话，加上酶切位点用于后面的载体连接。转拟南芥的话你们实验室要是有这方面的经验就没什么难度，没有的话可以考虑送公司，很快的。还有就是你这个基因的功能是什么，转入后如何检测及预期结果。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2015-12-16 09:15:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by crab1983 at 2016-03-11 15:18:01
用blastx怎么能看出我的序列是不是完整的ORF呀。...

看你cDNA序列比对区域和匹配上的蛋白序列比对区域，举个例子，你的cDNA长度是1100bp，比对上的区域是100-1000bp，与数据库里某全长为300aa的蛋白的1-300匹配上了，那说明你的序列是包括完整的ORF。如果与数据库里某全长为400aa的蛋白的100-400aa匹配上了，那说明你的序列ORF缺少5'端。
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2016-03-11 21:06:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jianguochen at 2015-12-14 18:39:54
主要还是看你扩增出来的序列用于做什么，表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框，哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。

我就是要这个基因克隆出来，然后转到拟南芥里面，鉴定一下。该怎么做呀？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-15 17:51:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-15 11:48:44
先用你的序列做blastx，看是否含有完整ORF，看编码区的具体位置，然后再根据你的需要设计引物，做定量的话，不需要有完整ORF，但是如果做表达研究功能，那需要有完整ORF，如没有，就做RACE扩全长。

我要转到拟南芥中，转到拟南芥里面主要鉴定一下这个基因。也就是得在拟南芥里表达

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-15 17:52:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

star013

新虫 (知名作家)
做race的，可以过的基因全长，无论是定量还是表达，都可以用了，我们可以做race

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2015-12-15 19:20:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fakirheart

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by crab1983 at 2015-12-15 17:51:01
我就是要这个基因克隆出来，然后转到拟南芥里面，鉴定一下。该怎么做呀？
...

那你这个工作量大呀，还得连接表达载体

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
我是读书人
7楼2015-12-15 21:25:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jianguochen at 2015-12-16 09:15:10
转到拟南芥里做表达的话，就扩增完整的ORF，需要的话，加上酶切位点用于后面的载体连接。转拟南芥的话你们实验室要是有这方面的经验就没什么难度，没有的话可以考虑送公司，很快的。还有就是你这个基因的功能是什么 ...

我这个基因是植物光合作用过程中的酶，理论上转到拟南芥中应该能提高拟南芥的光合速率。
赞一下 回复此楼
10楼2016-02-23 10:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 crab1983 的主题更新
201/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 帮忙看看fileCode +4 wwncly 2026-08-10 8/400 2026-08-10 22:07 by demonstreets
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 15/750 2026-08-10 19:29 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +8 documentary 2026-08-10 8/400 2026-08-10 19:20 by loufangrui
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭