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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 已知一个基因通过转录组获得的cDNA序列，如何设计引物克隆这个基因
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crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yvonne9044 at 2015-12-15 22:31:12
有转录组就不用做race了吧？我就用转录组数据设计的引物

请问您是怎么做的。我这个基因克隆出来就只是转到拟南芥中，做个鉴定，需要他能在拟南芥中表达就行了。
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11楼2016-02-23 10:32:55
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
咱俩差不多，你想问的是哪一部分怎么做？

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12楼2016-02-23 12:00:47
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by crab1983 at 2016-02-23 10:32:55
请问您是怎么做的。我这个基因克隆出来就只是转到拟南芥中，做个鉴定，需要他能在拟南芥中表达就行了。...

咱俩做的差不多，你问哪一部分怎么做

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13楼2016-02-23 12:01:09
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crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by yvonne9044 at 2016-02-23 12:01:09
咱俩做的差不多，你问哪一部分怎么做
...

我这个课题刚下来，现在我们组的人给我提供了我要克隆的基因的，转录组的数据，就是这个基因的cDNA序列。所以我现在就是要设计引物。
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14楼2016-02-24 08:41:56
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by crab1983 at 2016-02-24 08:41:56
我这个课题刚下来，现在我们组的人给我提供了我要克隆的基因的，转录组的数据，就是这个基因的cDNA序列。所以我现在就是要设计引物。...

那就没啥了，在读码框外侧设计引物就可以了，不难，应该一次就能成

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15楼2016-02-24 10:32:26
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crab1983

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-15 11:48:44
先用你的序列做blastx，看是否含有完整ORF，看编码区的具体位置，然后再根据你的需要设计引物，做定量的话，不需要有完整ORF，但是如果做表达研究功能，那需要有完整ORF，如没有，就做RACE扩全长。

用blastx怎么能看出我的序列是不是完整的ORF呀。
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16楼2016-03-11 15:18:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by crab1983 at 2016-03-11 15:18:01
用blastx怎么能看出我的序列是不是完整的ORF呀。...

看你cDNA序列比对区域和匹配上的蛋白序列比对区域，举个例子，你的cDNA长度是1100bp，比对上的区域是100-1000bp，与数据库里某全长为300aa的蛋白的1-300匹配上了，那说明你的序列是包括完整的ORF。如果与数据库里某全长为400aa的蛋白的100-400aa匹配上了，那说明你的序列ORF缺少5'端。
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17楼2016-03-11 21:06:39
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)
请问楼主做出来了么？
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18楼2016-04-13 10:55:42
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-15 11:48:44
先用你的序列做blastx，看是否含有完整ORF，看编码区的具体位置，然后再根据你的需要设计引物，做定量的话，不需要有完整ORF，但是如果做表达研究功能，那需要有完整ORF，如没有，就做RACE扩全长。

求指教RACE 引物设计
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19楼2016-05-13 00:27:56
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jackyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by crab1983 at 2016-02-23 10:25:15
我这个基因是植物光合作用过程中的酶，理论上转到拟南芥中应该能提高拟南芥的光合速率。...

那你首先需要编码区预测，然后再克隆CDS.

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CestLaVie
20楼2016-05-13 09:12:48
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