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crab1983

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 已知一个基因通过转录组获得的cDNA序列，如何设计引物克隆这个基因 已有1人参与

我手里有想要克隆的基因的转录组获得的cDNA序列，但不知道如何设计引物。我看有的人用RACE的方法克隆全长，我不需要克隆全长。我原来以为，把拿到的转录组的这个cDNA序列直接设计引物就行，但是我看到很多文献，都是找出开放阅读框来设计引物的。所以现在不知道该怎么做了，太着急了。请给位大侠帮帮忙。
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1楼 2015-12-14 18:24:28
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stone2239

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by crab1983 at 2016-03-11 15:18:01
用blastx怎么能看出我的序列是不是完整的ORF呀。...

看你cDNA序列比对区域和匹配上的蛋白序列比对区域，举个例子，你的cDNA长度是1100bp，比对上的区域是100-1000bp，与数据库里某全长为300aa的蛋白的1-300匹配上了，那说明你的序列是包括完整的ORF。如果与数据库里某全长为400aa的蛋白的100-400aa匹配上了，那说明你的序列ORF缺少5'端。
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17楼2016-03-11 21:06:39
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jianguochen

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
主要还是看你扩增出来的序列用于做什么，表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框，哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。
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2楼2015-12-14 18:39:54
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stone2239

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
crab1983: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-03-11 15:14:49
先用你的序列做blastx，看是否含有完整ORF，看编码区的具体位置，然后再根据你的需要设计引物，做定量的话，不需要有完整ORF，但是如果做表达研究功能，那需要有完整ORF，如没有，就做RACE扩全长。
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3楼2015-12-15 11:48:44
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crab1983

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by jianguochen at 2015-12-14 18:39:54
主要还是看你扩增出来的序列用于做什么，表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框，哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。

我就是要这个基因克隆出来，然后转到拟南芥里面，鉴定一下。该怎么做呀？

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4楼2015-12-15 17:51:01
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