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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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crab1983

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 已知一个基因通过转录组获得的cDNA序列,如何设计引物克隆这个基因 已有1人参与

我手里有想要克隆的基因的转录组获得的cDNA序列,但不知道如何设计引物。我看有的人用RACE的方法克隆全长,我不需要克隆全长。我原来以为,把拿到的转录组的这个cDNA序列直接设计引物就行,但是我看到很多文献,都是找出开放阅读框来设计引物的。所以现在不知道该怎么做了,太着急了。请给位大侠帮帮忙。
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crab1983

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-15 11:48:44
先用你的序列做blastx,看是否含有完整ORF,看编码区的具体位置,然后再根据你的需要设计引物,做定量的话,不需要有完整ORF,但是如果做表达研究功能,那需要有完整ORF,如没有,就做RACE扩全长。

我要转到拟南芥中,转到拟南芥里面主要鉴定一下这个基因。也就是得在拟南芥里表达

发自小木虫Android客户端
5楼2015-12-15 17:52:44
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jianguochen

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

主要还是看你扩增出来的序列用于做什么,表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框,哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。
2楼2015-12-14 18:39:54
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stone2239

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
crab1983: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-03-11 15:14:49
先用你的序列做blastx,看是否含有完整ORF,看编码区的具体位置,然后再根据你的需要设计引物,做定量的话,不需要有完整ORF,但是如果做表达研究功能,那需要有完整ORF,如没有,就做RACE扩全长。
3楼2015-12-15 11:48:44
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crab1983

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by jianguochen at 2015-12-14 18:39:54
主要还是看你扩增出来的序列用于做什么,表达的话可以分析下你的序列里共有多少个开放阅读框,哪个阅读框是你的序列。再根据ORF序列从起始密码子到终止密码子设计引物扩就是了。

我就是要这个基因克隆出来,然后转到拟南芥里面,鉴定一下。该怎么做呀?

发自小木虫Android客户端
4楼2015-12-15 17:51:01
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