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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

[求助] 将引物加上酶切位点问题 已有2人参与

最近在构建表达载体,确定酶切成功了但是连接不上,我是将质粒双酶切,再将含酶切位点的引物P出目的片段,将这两个相连。我现在怀疑是不是我引物加酶切位点时弄错了?这个加了酶切位点的引物是能p出目的片段的,是否是酶切位点加错了?
未加位点的序列:1-F: 5'AGTTCCAGCATACCATACACCC
                            1-R: 5'TCGCAGCCACAGTTTAGATAG
加了酶切位点:1-F-SpeI: 5’ GGACTAGT  AGTTCCAGCATACCATACACCC
                        2-R-HindIII: 5‘ CCCAAGCTT  TCGCAGCCACAGTTTAGATAG
做了好久了,求各位高手指点!
连接体系
takara T4 :1 ul
10*buffer:1 ul
目的片段:0.3 pmol
载体片段:0.03 pmol
ddH2O:     up to 10ul
16℃过夜连接(12-14h)
做了两个月了
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的目的片段双酶切了没有?
2楼2015-12-11 16:28:38
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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-12-11 16:28:38
你的目的片段双酶切了没有?

目的片段是PCR产物
3楼2016-01-16 00:15:59
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-18 23:00:00
目的片段pcr完是带走保护碱基的平末端,不能直接连接,要通过相应的双酶切后出现粘性末端,才可以和载体连接

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天空才是极限,我有信心飞的更高!
4楼2016-01-16 07:59:09
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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-16 07:59:09
目的片段pcr完是带走保护碱基的平末端,不能直接连接,要通过相应的双酶切后出现粘性末端,才可以和载体连接

你好,用加了酶切位点的引物,进行PCR的产物也不行么?还需要对这个PCR产物进行酶切?
5楼2016-01-18 19:46:21
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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-16 07:59:09
目的片段pcr完是带走保护碱基的平末端,不能直接连接,要通过相应的双酶切后出现粘性末端,才可以和载体连接

我看一般情况下酶切连接的说明,不都是载体酶切纯化,PCR采用含酶切位点的引物,纯化后的PCR产物直接连接么?难道我理解错了?新手求解答
6楼2016-01-18 19:47:46
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-01-18 23:00:19
引用回帖:
6楼: Originally posted by Joyceyuan at 2016-01-18 19:47:46
我看一般情况下酶切连接的说明,不都是载体酶切纯化,PCR采用含酶切位点的引物,纯化后的PCR产物直接连接么?难道我理解错了?新手求解答...

PCR引物虽然添加了酶切位点,但是PCR产物的两端酶切位点是平末端的,不可以直接连接的(T载体克隆以及一些平末端的酶例外),就像你的载体上含有酶切位点一样,你也需要用酶切去处理的,这样才能暴露出你选择的酶的粘性末端,当你的载体遇到相同酶处理过的目的基因时候,就可以识别那段粘性末端的序列,这样互补扣在一起,再在连接酶的作用下完成最后的缝补任务。

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7楼2016-01-18 19:59:37
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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-18 19:59:37
PCR引物虽然添加了酶切位点,但是PCR产物的两端酶切位点是平末端的,不可以直接连接的(T载体克隆以及一些平末端的酶例外),就像你的载体上含有酶切位点一样,你也需要用酶切去处理的,这样才能暴露出你选择的酶的粘 ...

多谢!!!还想请问下如果我PCR产物双酶切的话酶切体系和载体的酶切体系一样么?酶切时间也和载体一样么?
8楼2016-01-18 20:04:31
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
Joyceyuan: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-01-18 20:46:26
这个要看你的产物扩增的浓度了,一般特异性较好的产物,我们通常可以50微升产物在100微升的酶切体系,酶切时间跟你们用的酶有关系吧,不过建议PCR仅物酶切时尽量比载体时间长一些,因为它仅紧靠几个保护碱基来让酶剪切,效率相对会低些,最后酶切完后,如果条带特异性好的可以直接过柱纯化,如果特异性不好,建议PCR后先胶回收目的条带后再酶切。

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天空才是极限,我有信心飞的更高!
9楼2016-01-18 20:16:12
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Joyceyuan

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-18 20:16:12
这个要看你的产物扩增的浓度了,一般特异性较好的产物,我们通常可以50微升产物在100微升的酶切体系,酶切时间跟你们用的酶有关系吧,不过建议PCR仅物酶切时尽量比载体时间长一些,因为它仅紧靠几个保护碱基来让酶剪 ...

突然就有希望了,谢谢谢谢!
10楼2016-01-18 20:46:17
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