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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » pcr实际扩出的序列比理论的长。
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林之子云

新虫 (初入文坛)

[交流] pcr实际扩出的序列比理论的长。 已有7人参与

鉴定寄生虫的种类，从形态学上我只能确定其是膜壳科的，然后我就在ncbi上搜膜壳科的28s的nucleotide，找到一个膜壳科的700多bp的参考序列，然后设计一对引物，引物扩增的理论长度是429bp，可是我今天跑完胶看到条带应该有600多bp，我的上游引物是：  AGTATGCCGCTCGTCTGTTG  下游： GAAACCACCGTCGGACCTA C  请大神解答为什么p的实际长度比理论长度大呢？下附我的引物图。

pcr实际扩出的序列比理论的长。
备选28s新送.PNG
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1楼 2015-11-24 15:00:22
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51mimi

新虫 (小有名气)
★
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如上所说，特异不行是一方面。但是也有可能是有亲源性，但不同的其它序列，所以有人建议你去测序，这个最直观，可以鉴别是以上哪种情况。也可以blast引物，给多一种可能性，但是不能推断是哪种情况。

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6楼2015-11-25 12:19:23
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胶回收，然后送去测序看看，，，说不准有发现
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2楼2015-11-24 22:51:16
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loveming313

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可能上下游引物特异性不够，看看你的模板DNA序列，重新设计下引物
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Find the sunshine in your heart,let it go,you can get past the rainyday
3楼2015-11-25 11:08:29
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张俊亚

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
拿你的引物去NCBI进行blast看看有没有600左右的就知道了

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4楼2015-11-25 11:12:24
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