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引物设计的问题 已有2人参与
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本人RTPCR新手。以鸽子为试验对象，想把GnIH基因中间片段跑出来，参照鹌鹑的GnIH来设计引物，但是设计了很多的引物PCR了之后条带都不明显要么直接没有条带，哪位大神帮忙设计引物看看啊。。 （附鹌鹑的GnIH CDS序列） 1 agagatcctg agcttcctaa ctgagcttca tttgagagaa atggaaatca tttcaaccca 61 gaagtttatt cttcttactt tggctacagt ggcgtttcta acaccgcatg gtgcgtgcct 121 agatgaacta atgaaatcca gcctggaaag cagagaagat gatgatgata aatattatga 181 gactaaagac agtatcttgg aggaaaagca gaggagtctg aattttgaag aaatgaaaga 241 ctggggatca aaaaatttca tgaaagtgaa cacccctaca gtaaacaaag tgccaaattc 301 agttgctaat ttgcctctta gatttggaag aagcaatcca gaagaaagaa gcattaagcc 361 aagtgcttat ttgcctctga gatttggaag agcttttgga gagagcctct ctaggcgtgc 421 tccaaatcta tcaaacaggt ctgggagatc tccacttgct agaagttcta ttcagtccct 481 tctaaatctg tcacagagat ttgggaagtc agtgcccatc agtctatctc aaggtgtcca 541 ggaatctgaa ccagggatgt gaattctaac aattacattc aagttatcaa gttatgaaga 601 tggaaaccga aagacccaga aaagatgcac cgtgtattca aaactaaaga tcttgagaag 661 ggaatgtata tgagaactga aatgcaaacc tgtgtcatgt tattattata atgtgtgtat 721 tctgcacaaa caattgatgc ataaggcaat gataactgta gtgaatgtcc agtttacttc 781 agtggtgggt gtagcacaaa ctctatttac ttttgtgtga cttcctgtcg actgatatct 841 tgttggatgt aaaaactaat ttaaaaacaa tagctgtaga aatgagagca ttttaagcaa 901 atttaaatga aacatccgta gtacaaataa agaagcatga tacaaac |
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2楼2015-11-20 16:57:45
3楼2015-11-20 17:30:17
218854055
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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其实题主你按鹌鹑的基因去扩增鸽子这方法不一定能成功，因为它们之间基因虽然有同源性，但不一定是100%，你设计引物很有可能在鸽子上就没有这个引物结合位点。 建议：1、你把鸽子属内的GnIH都下载下来，设计简并引物看下。2、不做简并引物，那你在鹌鹑GnIH多设计些引物。我以前拿别的种一段基因去设计引物，两对引物扩增得到是不一样的片段，本来它们之间应该一段完全重合的序列，但是却没有。它们是两条不同的基因，但有一定同源性。所以拿别的物种去设计引物，不能认为这基因100%和你的物种是一致的，但是你可以多设计几条，碰运气说不定拿到一段基因。 |
4楼2015-11-28 12:38:16
5楼2015-12-01 13:54:45