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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计的问题
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董小露

金虫 (小有名气)

小牛

[求助] 引物设计的问题 已有3人参与

我从NCBI上找到两段基因片段，用blast进行对比，有好几个变异位点，我想选其中一个来设计引物，那这几个当中我选哪个呢，这个有没有什么方法来鉴定，选哪个是最好的，还是都一样，随便选一个？新手，不是很懂这方面，希望有大牛指导！谢谢啦！
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1楼 2015-07-23 09:47:48
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人车

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
董小露(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-24 10:28:27
两个序列应该不可能是完全一致的 我觉得你可以选一个 设计就可以了 设计引物也不是全序列都需要 也就是需要前后的两端序列
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2楼2015-07-23 13:21:37
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董小露

金虫 (小有名气)

小牛
引用回帖:
2楼: Originally posted by 人车 at 2015-07-23 13:21:37
两个序列应该不可能是完全一致的 我觉得你可以选一个 设计就可以了 设计引物也不是全序列都需要 也就是需要前后的两端序列

不是设计整个序列的，是想选一个变异位点设计一段特异性的，随便找哪个变异位点都可以是吗
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3楼2015-07-23 13:26:04
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人车

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 董小露 at 2015-07-23 13:26:04
不是设计整个序列的，是想选一个变异位点设计一段特异性的，随便找哪个变异位点都可以是吗...

有点没看明白 那就是你不是要基因的全长是吗？
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4楼2015-07-23 16:53:51
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yufeiwaner

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是想研究变异位点么？在变异位点上游和下游设计引物就好了吧？按照引物设计原则设计。
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5楼2015-07-24 11:23:32
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yufeiwaner

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

查一下文献，看看变异点有木有影响，那个点有影响。我做酶的基因克隆，按照文献报道，那酶保守区的好几个氨基酸可变异。。。
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6楼2015-07-24 11:26:50
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Kellyyoung

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也是新手，找到的就直接都合成，看结果如何，不过还没做出想要的结果
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7楼2015-07-28 15:19:39
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董小露

金虫 (小有名气)

小牛
引用回帖:
7楼: Originally posted by Kellyyoung at 2015-07-28 15:19:39
我也是新手，找到的就直接都合成，看结果如何，不过还没做出想要的结果

想问一下你做的有结果了吗
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8楼2015-09-08 11:41:34
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董小露

金虫 (小有名气)

小牛
引用回帖:
6楼: Originally posted by yufeiwaner at 2015-07-24 11:26:50
查一下文献，看看变异点有木有影响，那个点有影响。我做酶的基因克隆，按照文献报道，那酶保守区的好几个氨基酸可变异。。。

确实有很多的变异位点，要选其中一个吧，我就不知道该怎么选了
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9楼2015-09-08 11:43:40
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