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runye2015

新虫 (小有名气)

[交流] 基因组总DNA 电泳,这些尾带是降解的吗?已有6人参与

如题
1、两三个月前提取的基因组总DNA ,一直在零下80度冰箱保存
2、左1为12500 的MARKER,左2-3两样本是为3个月前提取的,4-5两样本是为2个月前提取
3、0.8%的琼脂糖,90V 5分钟,然后170V 25分钟
4、麻烦大家看下,我的DNA 有没有降解,尾带很亮,如果后续做PCR-DGGE还有荧光定量PCR还有会不会有影响?
谢谢大家啦!

基因组总DNA 电泳,这些尾带是降解的吗?
基因组总DNA 琼脂糖凝胶电泳
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王平阳

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
runye2015: 金币+5 2015-10-18 09:46:21
引用回帖:
2楼: Originally posted by 秉秉的法兰西 at 2015-10-17 17:32:48
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

人家是直接基因组DNA电泳,没有做PCR,哪来的引物啊,麻烦回答问题前把问题看清楚先?

言归正传,提取总DNA,不可避免会带入RNA的,所以有可能是RNA,不过也有可能是DNA降解所致,我的经验是提取的DNA只要没有重大失误还是可以用的,做PCR的时候稀释一下,稀释到10到100 ng/uL使用效果会比较好,祝你好运!
没有做不到,只有想不到!
3楼2015-10-17 20:28:14
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秉秉的法兰西

新虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
runye2015: 金币+1 2015-10-17 22:52:22
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-10-17 17:32:48
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jianguochen

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
runye2015: 金币+4 2015-10-18 09:52:44
一般DNA降解弥散的话,跟你这个图不同,有可能跟楼上说的一样,有RNA污染,而且还降解了,光看你的胶图的话,看得出纯度是有问题的,胶孔里有亮带,应该是有蛋白残留,你是用什么方法提取的呢,有用分光光度计测下么,可以用RNase消化,然后纯化下。免得Qpcr时RNA引入非特异产物。
4楼2015-10-17 21:40:04
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runye2015

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 秉秉的法兰西 at 2015-10-17 17:32:48
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

还是非常感谢您的回答!hand~

发自小木虫Android客户端
5楼2015-10-17 22:52:11
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runye2015

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-10-17 20:28:14
人家是直接基因组DNA电泳,没有做PCR,哪来的引物啊,麻烦回答问题前把问题看清楚先?

言归正传,提取总DNA,不可避免会带入RNA的,所以有可能是RNA,不过也有可能是DNA降解所致,我的经验是提取的DNA只要没有重 ...

嗯嗯!我去测一下浓度,然后扩增一下看下效果!非常感谢!

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6楼2015-10-18 09:59:02
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
肯定是蛋白和RNA污染,个人感觉DNA也有少量降解
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
7楼2015-10-18 10:59:50
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tolobio

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianguochen at 2015-10-17 21:40:04
一般DNA降解弥散的话,跟你这个图不同,有可能跟楼上说的一样,有RNA污染,而且还降解了,光看你的胶图的话,看得出纯度是有问题的,胶孔里有亮带,应该是有蛋白残留,你是用什么方法提取的呢,有用分光光度计测下么 ...

抽提的好的话,也是跑不出胶孔的。所以,胶孔有亮带,不一定是蛋白质残留。
8楼2015-10-18 12:21:20
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runye2015

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 游侠892 at 2015-10-18 10:59:50
肯定是蛋白和RNA污染,个人感觉DNA也有少量降解

嗯,我用的天根的提取试剂盒,加了蛋白酶K,最下面的尾带是降解的吗?~~非常感谢您的回复!

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9楼2015-10-18 12:32:18
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runye2015

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by tolobio at 2015-10-18 12:21:20
抽提的好的话,也是跑不出胶孔的。所以,胶孔有亮带,不一定是蛋白质残留。...

嗯嗯~谢谢您的回复!图里的那一部分提示降解呢~是最下面的尾带吗?~~

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10楼2015-10-18 12:33:41
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