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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 基因组总DNA 电泳，这些尾带是降解的吗？
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runye2015

新虫 (小有名气)

[交流] 基因组总DNA 电泳，这些尾带是降解的吗？ 已有6人参与

如题
1、两三个月前提取的基因组总DNA ，一直在零下80度冰箱保存
2、左1为12500 的MARKER，左2-3两样本是为3个月前提取的，4-5两样本是为2个月前提取
3、0.8%的琼脂糖，90V 5分钟，然后170V 25分钟
4、麻烦大家看下，我的DNA 有没有降解，尾带很亮，如果后续做PCR-DGGE还有荧光定量PCR还有会不会有影响？
谢谢大家啦！

基因组总DNA 电泳，这些尾带是降解的吗？
基因组总DNA 琼脂糖凝胶电泳
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1楼 2015-10-17 14:09:41
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王平阳

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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runye2015: 金币+5 2015-10-18 09:46:21
引用回帖:
2楼: Originally posted by 秉秉的法兰西 at 2015-10-17 17:32:48
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

人家是直接基因组DNA电泳，没有做PCR，哪来的引物啊，麻烦回答问题前把问题看清楚先？

言归正传，提取总DNA，不可避免会带入RNA的，所以有可能是RNA，不过也有可能是DNA降解所致，我的经验是提取的DNA只要没有重大失误还是可以用的，做PCR的时候稀释一下，稀释到10到100 ng/uL使用效果会比较好，祝你好运！
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没有做不到，只有想不到！
3楼2015-10-17 20:28:14
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秉秉的法兰西

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
runye2015: 金币+1 2015-10-17 22:52:22
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

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2楼2015-10-17 17:32:48
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jianguochen

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
runye2015: 金币+4 2015-10-18 09:52:44
一般DNA降解弥散的话，跟你这个图不同，有可能跟楼上说的一样，有RNA污染，而且还降解了，光看你的胶图的话，看得出纯度是有问题的，胶孔里有亮带，应该是有蛋白残留，你是用什么方法提取的呢，有用分光光度计测下么，可以用RNase消化，然后纯化下。免得Qpcr时RNA引入非特异产物。
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4楼2015-10-17 21:40:04
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runye2015

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 秉秉的法兰西 at 2015-10-17 17:32:48
可能是引物特异性不高。或者引物时间长了

还是非常感谢您的回答！hand～

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5楼2015-10-17 22:52:11
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runye2015

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-10-17 20:28:14
人家是直接基因组DNA电泳，没有做PCR，哪来的引物啊，麻烦回答问题前把问题看清楚先？

言归正传，提取总DNA，不可避免会带入RNA的，所以有可能是RNA，不过也有可能是DNA降解所致，我的经验是提取的DNA只要没有重 ...

嗯嗯！我去测一下浓度，然后扩增一下看下效果！非常感谢！

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6楼2015-10-18 09:59:02
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
肯定是蛋白和RNA污染，个人感觉DNA也有少量降解
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
7楼2015-10-18 10:59:50
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tolobio

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianguochen at 2015-10-17 21:40:04
一般DNA降解弥散的话，跟你这个图不同，有可能跟楼上说的一样，有RNA污染，而且还降解了，光看你的胶图的话，看得出纯度是有问题的，胶孔里有亮带，应该是有蛋白残留，你是用什么方法提取的呢，有用分光光度计测下么 ...

抽提的好的话，也是跑不出胶孔的。所以，胶孔有亮带，不一定是蛋白质残留。
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8楼2015-10-18 12:21:20
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runye2015

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 游侠892 at 2015-10-18 10:59:50
肯定是蛋白和RNA污染，个人感觉DNA也有少量降解

嗯，我用的天根的提取试剂盒，加了蛋白酶K，最下面的尾带是降解的吗？～～非常感谢您的回复！

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9楼2015-10-18 12:32:18
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runye2015

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tolobio at 2015-10-18 12:21:20
抽提的好的话，也是跑不出胶孔的。所以，胶孔有亮带，不一定是蛋白质残留。...

嗯嗯～谢谢您的回复！图里的那一部分提示降解呢～是最下面的尾带吗？～～

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10楼2015-10-18 12:33:41
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