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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 【TAIL-PCR】对于其测序结果的分析问题
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Pipig

金虫 (小有名气)

[求助] 【TAIL-PCR】对于其测序结果的分析问题 已有2人参与

请问有做过TAIL-PCR 的朋友吗？
在把扩增得到的序列送测序后，改如何分析呢。请说一下详细步骤。

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1楼 2015-09-16 23:32:49
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kobe199613

木虫之王 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
TAIL-PCR（thermal asymmetric interlaced PCR），即交错式热不对称PCR，是一种染色体步移技术（Genome Walking）。该技术通过3个嵌套的特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环，利用不同的退火温度选择性地扩增目标片段，所获得的片段可以直接用做探针标记和测序模板。

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【招聘】医用高分子材料研发工程师（北京）
2楼2015-09-17 01:41:47
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用测序结果和你原来的已知序列拼接，有重叠区能拼接上，说明扩出的序列是目标序列，如果没有重叠区拼接不上，说明扩出的是非目标片段。
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3楼2015-09-17 12:40:47
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Pipig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-09-17 12:40:47
用测序结果和你原来的已知序列拼接，有重叠区能拼接上，说明扩出的序列是目标序列，如果没有重叠区拼接不上，说明扩出的是非目标片段。

你说的目标序列，就是说侧翼未知的序列吗？
有重叠的部分是不是就是边界序列那左右的序列？

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4楼2015-09-20 22:42:12
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Pipig at 2015-09-20 22:42:12
你说的目标序列，就是说侧翼未知的序列吗？
有重叠的部分是不是就是边界序列那左右的序列？
...

是
5楼2015-09-20 23:40:00
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Pipig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2015-09-20 23:40:00
是...

那请问你说的方法，是不是100%准确呢？有没有可能拼不上，但又不是侧翼序列呢

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6楼2015-09-21 00:07:27
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by Pipig at 2015-09-21 00:07:27
那请问你说的方法，是不是100%准确呢？有没有可能拼不上，但又不是侧翼序列呢
...

如果是侧翼序列肯定可以拼上，拼不上肯定不是侧翼序列。感觉你还是没有完全弄懂。自己多看看资料。
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7楼2015-09-21 21:39:17
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Pipig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2015-09-21 21:39:17
如果是侧翼序列肯定可以拼上，拼不上肯定不是侧翼序列。感觉你还是没有完全弄懂。自己多看看资料。...

谢谢

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8楼2015-09-21 23:26:39
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zhang_meng

新虫 (初入文坛)
你好，我想问一下你，关于tail-pcr测序结果比对的问题，你解决了吗？因为我现在遇到了相关问题，想从你这获取点经验。希望你能帮我解答一下我的问题
我的问题是 tail-pcr的测序结果我是用DNAman进行比对的，向左侧扩增的序列结果，按理来说应该反向互补后进行比对，能比对上已知序列5'端的部分序列，对吧？向右扩增的序列结果，直接拿来与已知序列进行比对就行，对吧？  问题是，比对序列时，扩增的序列在与已知序列重叠一部分后（约20-70bp），就不会再有重叠序列了，这是正常的吗？例如，已知序列是1-500bp，左侧扩增序列是1-800bp，扩增序列的600-630bp能与已知序列的1-30bp重叠，之后的630-800bp就不能喝已知序列30bp以后的序列重叠，这是正常的吗？
谢谢你，看能否帮忙解答一下？
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9楼2016-03-08 11:36:23
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夜卧听风吹雨

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhang_meng at 2016-03-08 11:36:23
你好，我想问一下你，关于tail-pcr测序结果比对的问题，你解决了吗？因为我现在遇到了相关问题，想从你这获取点经验。希望你能帮我解答一下我的问题
我的问题是 tail-pcr的测序结果我是用DNAman进行比对的，向左 ...

你好，请问你这个TAIL PCR测序结果后来怎么分析啊？我用blast比对分值都很低，所以想问问你是怎么分析的啊？

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10楼2017-11-26 10:11:02
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