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陌眀奇妙

铁虫 (初入文坛)

[求助] 我用DNA基因组试剂盒抽提了几个细菌,但是跑了电泳后发现只有条带尾端亮已有6人参与

【新人求助】请各位帮忙看一下,我用DNA基因组试剂盒抽提了几个细菌的基因组DNA,但是跑了电泳后发现只有条带尾端亮,我想要的菌为1500bp,请问我这个图是怎么回事?我想知道是出了什么问题,是基因组没提出来吗?因为都是试剂盒,我都是按照上面步骤进行,以前分离出别的细菌,现在没有找到错误的原因,为什么条带尾端特别亮?有没有人和我出现过相同的结果,求大神帮忙。

我用DNA基因组试剂盒抽提了几个细菌,但是跑了电泳后发现只有条带尾端亮
IMG_20150911_223707.jpg
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 陌眀奇妙 at 2015-09-12 16:40:34
本人新手,有很多不明白的地方,请问基因组怎么降解了?能给我讲一下降解的原因吗?如何优化条件呢?多谢了...

因为存在许多能够降解DNA的酶,比如细菌中许多DNase能够阻止外界DNA的入侵,其机制就是能够降解外界DNA.优化条件就是要优化消化的时间,整个提取的时间以及提取过程中各温度以及其他条件的控制。
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10楼2015-09-12 21:00:48
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普通回帖

酒家何处

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下面的应该是rna。用rna酶试一下就知道了。如果试剂盒没有问题的话,可能需要加溶菌酶处理一下细菌再提。

发自小木虫Android客户端
2楼2015-09-11 23:40:12
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你想要的菌是1500bp?没明白,什么基因组会如此之小。你最好将你具体操作拿出来讨论,因为有RAN的降解产物,说明细胞是破了的,但基因组在哪步流失的,看了具体操作才能知道……

发自小木虫Android客户端
3楼2015-09-12 08:17:26
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
应该是基因组降解了。可以优化一下条件
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4楼2015-09-12 08:51:47
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huangxin2011

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
细菌基因组DNA相比于其它真核生物要脆弱很多,我们这边不用试剂盒,到后面的步骤枪头(tips)前端都要剪掉一部分的,太细容易使DNA断裂
5楼2015-09-12 11:58:11
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见神一笑

木虫 (著名写手)

最有可能是rRNA污染,而且基因组DNA基本没提出来

发自小木虫Android客户端
好好努力
6楼2015-09-12 12:22:04
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陌眀奇妙

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 酒家何处 at 2015-09-11 23:40:12
下面的应该是rna。用rna酶试一下就知道了。如果试剂盒没有问题的话,可能需要加溶菌酶处理一下细菌再提。

试剂盒应该没有问题,因为我以前用试剂盒提出来过,试剂盒第一步是菌液离心,然后就是加加入溶菌酶的buffer digestion水浴,所以也用溶菌酶处理了。
7楼2015-09-12 16:33:35
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陌眀奇妙

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-12 08:51:47
应该是基因组降解了。可以优化一下条件

本人新手,有很多不明白的地方,请问基因组怎么降解了?能给我讲一下降解的原因吗?如何优化条件呢?多谢了
8楼2015-09-12 16:40:34
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陌眀奇妙

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by huangxin2011 at 2015-09-12 11:58:11
细菌基因组DNA相比于其它真核生物要脆弱很多,我们这边不用试剂盒,到后面的步骤枪头(tips)前端都要剪掉一部分的,太细容易使DNA断裂

请问你们提取基因组DNA的步骤是什么样的呢,能告诉我一下吗?万分感谢
9楼2015-09-12 16:42:08
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