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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 建ML树如何选定模型
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我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 建ML树如何选定模型 已有3人参与

我使用RaxML进行ML树构建，但是在输入命令的时候，-m后面的模型不知道怎么选择，RaxML提供的模型有这几种：GTRCAT，GTRMIX，GTRGAMMA，GTRCAT_GAMMA， GTRGAMMAI，GTRMIXI，GTRCAT GAMMAI。我用jModelTest算出来每一个序列的最优模型了，可是jModelTest里都是HKY+G或者TPM1uf+I+G这样的。我不知道面对具体的某一个文件，该怎么选择RaxML里的模型。
请知道的前辈们帮帮我，谢谢！
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1楼 2015-07-07 15:41:31
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澈野

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
Hare_ma: 金币+1, 应助指数+1, 给个红包 2015-12-25 20:27:10
你可以看软件说明，里面对每个模型都有解释。PS：你现在会用了吗？求指导！
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2楼2015-12-25 16:01:33
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春恋紫花梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须要用RaxML吗？
如果换用PhyML软件，它可以在参数设定里选择HKY+G或者TPM1uf+I+G这类的模型。
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3楼2016-01-04 10:51:56
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whynot2015

木虫 (小有名气)
你好，我想请教一下，为什么我的jmodeltest用它给的example data运行两个小时只能运行到2%？我自己的数据就显示0，谢谢
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4楼2016-04-06 14:19:49
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

RaxML不支持多模型的选择，如果用到jmodeltest的参数，可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算，但是时间会非常的慢，但是只要你RaxMl计算的支持率高，就OK了，也可以用PhyML里面可以设定参数的，但是也比较慢，你可以试试，大数据一般还是用RaxMl比较好
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
5楼2016-04-15 23:02:11
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zzbbyy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2016-04-15 23:02:11
RaxML不支持多模型的选择，如果用到jmodeltest的参数，可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算，但是时间会非常的慢，但是只要你RaxMl计算的支持率高，就OK了，也可以用PhyML里面可以设定参数的，但是也比较慢 ...

你跑过那个four group的三角形的验证吗用RAXmL

发自小木虫Android客户端
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6楼2017-11-10 22:37:14
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xmcbanxia

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

raxml支持的模型有限
HKY+G在raxml的界面化不支持，但命令行版可以支持
TPM1uf+I+G在raxml中就是对应GTR
你可以参考ModelFinder日志，选取适合用Raxml的模型，来自raindy老师的解答，希望可以帮你
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7楼2018-06-26 10:03:46
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