24小时热门版块排行榜    

查看: 3609  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 建ML树如何选定模型 已有3人参与

我使用RaxML进行ML树构建,但是在输入命令的时候,-m后面的模型不知道怎么选择,RaxML提供的模型有这几种:GTRCAT,GTRMIX,GTRGAMMA,GTRCAT_GAMMA, GTRGAMMAI,GTRMIXI,GTRCAT GAMMAI。我用jModelTest算出来每一个序列的最优模型了,可是jModelTest里都是HKY+G或者TPM1uf+I+G这样的。我不知道面对具体的某一个文件,该怎么选择RaxML里的模型。
请知道的前辈们帮帮我,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

RaxML不支持多模型的选择,如果用到jmodeltest的参数,可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算,但是时间会非常的慢,但是只要你RaxMl计算的支持率高,就OK了,也可以用PhyML里面可以设定参数的,但是也比较慢,你可以试试,大数据一般还是用RaxMl比较好
我愿天下人:人人得以智慧之光,去开启生命之真谛
5楼2016-04-15 23:02:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

澈野

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
Hare_ma: 金币+1, 应助指数+1, 给个红包 2015-12-25 20:27:10
你可以看软件说明,里面对每个模型都有解释。PS:你现在会用了吗?求指导!
2楼2015-12-25 16:01:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春恋紫花梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须要用RaxML吗?
如果换用PhyML软件,它可以在参数设定里选择HKY+G或者TPM1uf+I+G这类的模型。
3楼2016-01-04 10:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whynot2015

木虫 (小有名气)

你好,我想请教一下,为什么我的jmodeltest用它给的example data运行两个小时只能运行到2%?我自己的数据就显示0,谢谢
4楼2016-04-06 14:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 12/600 2026-10-13 20:40 by Merryya
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +9 Isak0320 2026-10-12 13/650 2026-10-13 11:57 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见