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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 建ML树如何选定模型已有3人参与

我使用RaxML进行ML树构建,但是在输入命令的时候,-m后面的模型不知道怎么选择,RaxML提供的模型有这几种:GTRCAT,GTRMIX,GTRGAMMA,GTRCAT_GAMMA, GTRGAMMAI,GTRMIXI,GTRCAT GAMMAI。我用jModelTest算出来每一个序列的最优模型了,可是jModelTest里都是HKY+G或者TPM1uf+I+G这样的。我不知道面对具体的某一个文件,该怎么选择RaxML里的模型。
请知道的前辈们帮帮我,谢谢!
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澈野

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


Hare_ma: 金币+1, 应助指数+1, 给个红包 2015-12-25 20:27:10
你可以看软件说明,里面对每个模型都有解释。PS:你现在会用了吗?求指导!
2楼2015-12-25 16:01:33
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春恋紫花梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须要用RaxML吗?
如果换用PhyML软件,它可以在参数设定里选择HKY+G或者TPM1uf+I+G这类的模型。
3楼2016-01-04 10:51:56
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whynot2015

木虫 (小有名气)

你好,我想请教一下,为什么我的jmodeltest用它给的example data运行两个小时只能运行到2%?我自己的数据就显示0,谢谢
4楼2016-04-06 14:19:49
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

RaxML不支持多模型的选择,如果用到jmodeltest的参数,可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算,但是时间会非常的慢,但是只要你RaxMl计算的支持率高,就OK了,也可以用PhyML里面可以设定参数的,但是也比较慢,你可以试试,大数据一般还是用RaxMl比较好
我愿天下人:人人得以智慧之光,去开启生命之真谛
5楼2016-04-15 23:02:11
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zzbbyy

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2016-04-15 23:02:11
RaxML不支持多模型的选择,如果用到jmodeltest的参数,可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算,但是时间会非常的慢,但是只要你RaxMl计算的支持率高,就OK了,也可以用PhyML里面可以设定参数的,但是也比较慢 ...

你跑过那个four group的三角形的验证吗用RAXmL

发自小木虫Android客户端
6楼2017-11-10 22:37:14
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xmcbanxia

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

raxml支持的模型有限
HKY+G在raxml的界面化不支持,但命令行版可以支持
TPM1uf+I+G在raxml中就是对应GTR
你可以参考ModelFinder日志,选取适合用Raxml的模型,来自raindy老师的解答,希望可以帮你
7楼2018-06-26 10:03:46
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