应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 建ML树如何选定模型
71/1返回列表
查看: 3504  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 建ML树如何选定模型 已有3人参与

我使用RaxML进行ML树构建，但是在输入命令的时候，-m后面的模型不知道怎么选择，RaxML提供的模型有这几种：GTRCAT，GTRMIX，GTRGAMMA，GTRCAT_GAMMA， GTRGAMMAI，GTRMIXI，GTRCAT GAMMAI。我用jModelTest算出来每一个序列的最优模型了，可是jModelTest里都是HKY+G或者TPM1uf+I+G这样的。我不知道面对具体的某一个文件，该怎么选择RaxML里的模型。
请知道的前辈们帮帮我，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-07-07 15:41:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

澈野

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
Hare_ma: 金币+1, 应助指数+1, 给个红包 2015-12-25 20:27:10
你可以看软件说明，里面对每个模型都有解释。PS：你现在会用了吗？求指导！
赞一下 回复此楼
2楼2015-12-25 16:01:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春恋紫花梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须要用RaxML吗？
如果换用PhyML软件，它可以在参数设定里选择HKY+G或者TPM1uf+I+G这类的模型。
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-04 10:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whynot2015

木虫 (小有名气)
你好，我想请教一下，为什么我的jmodeltest用它给的example data运行两个小时只能运行到2%？我自己的数据就显示0，谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2016-04-06 14:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

RaxML不支持多模型的选择，如果用到jmodeltest的参数，可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算，但是时间会非常的慢，但是只要你RaxMl计算的支持率高，就OK了，也可以用PhyML里面可以设定参数的，但是也比较慢，你可以试试，大数据一般还是用RaxMl比较好
赞一下 回复此楼
我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
5楼2016-04-15 23:02:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzbbyy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2016-04-15 23:02:11
RaxML不支持多模型的选择，如果用到jmodeltest的参数，可以在paup里面引用jmodeltest的参数进行计算，但是时间会非常的慢，但是只要你RaxMl计算的支持率高，就OK了，也可以用PhyML里面可以设定参数的，但是也比较慢 ...

你跑过那个four group的三角形的验证吗用RAXmL

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2017-11-10 22:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmcbanxia

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

raxml支持的模型有限
HKY+G在raxml的界面化不支持，但命令行版可以支持
TPM1uf+I+G在raxml中就是对应GTR
你可以参考ModelFinder日志，选取适合用Raxml的模型，来自raindy老师的解答，希望可以帮你
赞一下 回复此楼
7楼2018-06-26 10:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 我恨果冻 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +4 myrtle 2026-08-26 4/200 2026-08-31 08:43 by 逸域隐帆
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +6 349506619 2026-08-28 6/300 2026-08-31 08:43 by kingkocxr
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 08:28 by xiangy672
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +5 雨打竹帘 2026-08-30 9/450 2026-08-30 22:23 by 余韵清
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭