24小时热门版块排行榜    

查看: 3447  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

我恨果冻

铁虫 (小有名气)

[求助] 建ML树如何选定模型 已有3人参与

我使用RaxML进行ML树构建,但是在输入命令的时候,-m后面的模型不知道怎么选择,RaxML提供的模型有这几种:GTRCAT,GTRMIX,GTRGAMMA,GTRCAT_GAMMA, GTRGAMMAI,GTRMIXI,GTRCAT GAMMAI。我用jModelTest算出来每一个序列的最优模型了,可是jModelTest里都是HKY+G或者TPM1uf+I+G这样的。我不知道面对具体的某一个文件,该怎么选择RaxML里的模型。
请知道的前辈们帮帮我,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xmcbanxia

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

raxml支持的模型有限
HKY+G在raxml的界面化不支持,但命令行版可以支持
TPM1uf+I+G在raxml中就是对应GTR
你可以参考ModelFinder日志,选取适合用Raxml的模型,来自raindy老师的解答,希望可以帮你
7楼2018-06-26 10:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

澈野

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


Hare_ma: 金币+1, 应助指数+1, 给个红包 2015-12-25 20:27:10
你可以看软件说明,里面对每个模型都有解释。PS:你现在会用了吗?求指导!
2楼2015-12-25 16:01:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春恋紫花梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

必须要用RaxML吗?
如果换用PhyML软件,它可以在参数设定里选择HKY+G或者TPM1uf+I+G这类的模型。
3楼2016-01-04 10:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whynot2015

木虫 (小有名气)

你好,我想请教一下,为什么我的jmodeltest用它给的example data运行两个小时只能运行到2%?我自己的数据就显示0,谢谢
4楼2016-04-06 14:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 69/3450 2026-08-16 00:16 by mo_mo_mo_mo
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见