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Lammps 中NEB计算
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根据http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=40495中的例子，编写的用于寻找过渡态的程序，程序跑不通，显示：cann't use NEB with a single replica,对于官网手册也是一头雾水。问题：1，不知道怎么指示初态和终态；2，如何保存中间过程中的原子坐标及能量。 atom_modify map array sort 0 0.0 # ---------- Create Atoms --------------------- read_data readdata.1 variable u uloop 2 # ---------- Define Interatomic Potential --------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Cu01.eam.alloy Cu neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 check yes # ---------- Define Settings --------------------- compute perpot all pe/atom compute perkin all ke/atom compute pot all pe compute kin all ke #---------------Fix nvt----------------# #velocity all set 0.0 0.0 0.0 mom yes rot no fix 1 all setforce 0 0 0 fix 2 all nvt temp 0.0001 0.0001 10.0 drag 0.2 #fix 3 all neb 1.0 minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 min_style quickmin #---------------Output Thermo----------------# reset_timestep 0 timestep 0.01 thermo 10 thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz vol temp c_pot c_kin etotal dump 1 all custom 100 dump.neb.$u id type x y z neb 0.1 0.01 1000 500 1 coords.final next u jump in print "All done" fianlfile ＃LAMMPS Description 3980 913 1.74218 2.37651 1.47087 909 1.67493 4.3525 3.19397 3120 1.91223 0.409578 3.2502 915 3.45571 4.08904 1.32395 3125 3.73239 0.639876 1.40948 3131 3.75153 2.3175 3.21221 908 -0.050082 2.2276 3.3366 3130 5.55566 2.38966 1.39588 3127 5.16336 0.426954 3.35545 917 5.35775 4.12671 3.19239 3070 7.09337 0.47682 1.38471 3072 7.20937 2.33175 3.10631 845 7.06057 4.28264 1.32245 3068 8.79948 2.44301 1.33783 3064 8.8503 0.5081 3.04721 3063 10.771 0.613592 1.34068 848 8.89819 4.17629 3.06949 846 10.807 4.28234 1.37612 854 10.6779 2.2451 3.18697 3079 12.5435 2.4197 1.3716 |
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