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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » “慢”扩散的模拟计算？？？
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故事是这样的

新虫 (小有名气)

[求助] “慢”扩散的模拟计算？？？

我之前用的是MD方法，来计算小分子在分子筛内扩散。但是，现在想计算一些烷烃在分子筛内的扩散系数，发现其扩散系数太小（＜10^-12m2*s-1）,文献有说通过过渡态理论（TST）的方法计算自由能，进而计算跳跃频率，便可得到扩散系数。可是，并没有具体方法
在下想请教大家，TST方法算扩散系数也是用MS计算的吗？具体的计算理论基础和步骤是什么呀？烦请大神内心指教一下下~~~非常感谢
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1楼 2014-12-22 17:58:46
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
追加金币~~求解惑呀~~~
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2楼2014-12-24 10:24:01
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
顶~~~~~~
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3楼2014-12-24 13:23:53
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★
故事是这样的(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-25 07:45:47
但凡涉及过渡态的东西一般都会提到活化能或者能垒，你需要了解一下别人在应用过渡态理论的时候能垒是怎么算的，很多是用量化方法算的。
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4楼2014-12-24 15:42:14
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2014-12-24 15:42:14
但凡涉及过渡态的东西一般都会提到活化能或者能垒，你需要了解一下别人在应用过渡态理论的时候能垒是怎么算的，很多是用量化方法算的。

恩 谢谢~~我之前也用过TS搜索计算过一些反应的能垒。但是，如何把分子筛中气体的自由能和扩散系数联系起来，我一直都没想明白~~求指教呀~~
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5楼2014-12-25 15:23:29
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 故事是这样的 at 2014-12-24 19:23:29
恩 谢谢~~我之前也用过TS搜索计算过一些反应的能垒。但是，如何把分子筛中气体的自由能和扩散系数联系起来，我一直都没想明白~~求指教呀~~...

一般近似认为扩散系数和能垒之间也遵从Arrenius关系，即D = D0*exp(-E_a/RT)。但一般比较常见到的是通过不同温度下的模拟得到扩散系数后反推能垒，而直接从能垒获得扩散系数我不太了解，因为你还需要知道那个系数D0.
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6楼2014-12-25 23:57:30
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2014-12-25 23:57:30
一般近似认为扩散系数和能垒之间也遵从Arrenius关系，即D = D0*exp(-E_a/RT)。但一般比较常见到的是通过不同温度下的模拟得到扩散系数后反推能垒，而直接从能垒获得扩散系数我不太了解，因为你还需要知道那个系数D ...

恩 对  我看文献上提到了D0的可计算性。问题是用MS里的哪个步骤可以读出一个分子在分子筛内的自由能呢？
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7楼2014-12-26 10:00:26
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 故事是这样的 at 2014-12-25 14:00:26
恩 对  我看文献上提到了D0的可计算性。问题是用MS里的哪个步骤可以读出一个分子在分子筛内的自由能呢？...

我不知道，我没用过MS。
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8楼2014-12-26 10:06:51
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lsloneil at 2014-12-26 10:06:51
我不知道，我没用过MS。...

哦  好的  非常感谢 您的解答~~
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9楼2014-12-26 10:07:46
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