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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 为什么同样的设置，计算出的结果有时会相差很大呢？
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么同样的设置，计算出的结果有时会相差很大呢？

如题，本小白正在做盐水分解水合物的动力学模拟，下层为水合物、上层为盐水，可是同样的模型同样的设置，计算出来的结果有很大的差别？
希望大神予以指导！
我认为这个体系，因为都是氢键连接，不是很稳定，所以模型的波动性大？
我是用discover模块做的，建好layer后，选择的优化是自定义的15000步，我不知道对于这种体系优化精度越高越好吗？
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1楼 2014-03-14 10:10:24
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huachao90

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2楼2014-03-14 11:00:28
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 11:00:28
第一，如果你的系统已经平衡的话，不应该出现结果差异很大的，这个是不对的，有差异但是反应出来的规律还是应该一致的，建议先考察考察是不是已经稳定了，温度波动啦能量波动啦
第二，你是用minization进行优化的嚒 ...

第一，我做的是盐水对水合物的分解过程，水合物不断分解，体系也一直在变化。我能理解为你说的稳定，是水合物完全分解完之后所达到的稳定吗？可是这与我要做的模拟分解速率有关系吗？
第二，我用的是minization优化的，精度介于fine和ultra-fine之间
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3楼2014-03-14 13:04:59
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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upc穆宁: 金币+5 2014-03-14 18:54:39
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4楼2014-03-14 15:55:56
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 15:55:56
1、优化质量已经够了的
2.你研究的是分解的过程的话，肯定是不断变化的，你是记录过程的变化反应速率，还是说最后的结果差异大的呢，我对反应这块接触比较的少，希望对你 有帮助吧，你说清楚自己具体操作啥的，可 ...

我所要提取的是表征分解速率的MSD值，两者相差比较大，
；因为我做了一系列浓度的盐水，规律性并不是很好。而且同一体系结果还差的挺大，所以很郁闷
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5楼2014-03-14 18:56:37
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 15:55:56
1、优化质量已经够了的
2.你研究的是分解的过程的话，肯定是不断变化的，你是记录过程的变化反应速率，还是说最后的结果差异大的呢，我对反应这块接触比较的少，希望对你 有帮助吧，你说清楚自己具体操作啥的，可 ...

你好，请问Rigid body constraints for the SPC water
were implemented using the SHAKE algorithm.For
the inhibitor was constructed using Quanta and
optimized in an all-trans backbone configuration.是什么意思呢？
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6楼2014-03-15 22:36:29
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huachao90

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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-03-17 18:33:53
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7楼2014-03-15 22:53:22
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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8楼2014-03-15 22:54:23
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-17 18:34:15
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9楼2014-03-15 22:59:00
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