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upc穆宁

新虫 (小有名气)


[交流] 为什么同样的设置,计算出的结果有时会相差很大呢?

如题,本小白正在做盐水分解水合物的动力学模拟,下层为水合物、上层为盐水,可是同样的模型同样的设置,计算出来的结果有很大的差别?
希望大神予以指导!
我认为这个体系,因为都是氢键连接,不是很稳定,所以模型的波动性大?
我是用discover模块做的,建好layer后,选择的优化是自定义的15000步,我不知道对于这种体系优化精度越高越好吗?
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huachao90

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upc穆宁: 金币+5 2014-03-14 13:05:08
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-03-15 08:27:53
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2楼2014-03-14 11:00:28
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upc穆宁

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 11:00:28
第一,如果你的系统已经平衡的话,不应该出现结果差异很大的,这个是不对的,有差异但是反应出来的规律还是应该一致的,建议先考察考察是不是已经稳定了,温度波动啦能量波动啦
第二,你是用minization进行优化的嚒 ...

第一,我做的是盐水对水合物的分解过程,水合物不断分解,体系也一直在变化。我能理解为你说的稳定,是水合物完全分解完之后所达到的稳定吗?可是这与我要做的模拟分解速率有关系吗?
第二,我用的是minization优化的,精度介于fine和ultra-fine之间
3楼2014-03-14 13:04:59
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huachao90

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月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-03-15 08:28:00
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4楼2014-03-14 15:55:56
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upc穆宁

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 15:55:56
1、优化质量已经够了的
2.你研究的是分解的过程的话,肯定是不断变化的,你是记录过程的变化反应速率,还是说最后的结果差异大的呢,我对反应这块接触比较的少,希望对你 有帮助吧,你说清楚自己具体操作啥的,可 ...

我所要提取的是表征分解速率的MSD值,两者相差比较大,
;因为我做了一系列浓度的盐水,规律性并不是很好。而且同一体系结果还差的挺大,所以很郁闷
5楼2014-03-14 18:56:37
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upc穆宁

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引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-14 15:55:56
1、优化质量已经够了的
2.你研究的是分解的过程的话,肯定是不断变化的,你是记录过程的变化反应速率,还是说最后的结果差异大的呢,我对反应这块接触比较的少,希望对你 有帮助吧,你说清楚自己具体操作啥的,可 ...

你好,请问Rigid body constraints for the SPC water
were implemented using the SHAKE algorithm.For
the inhibitor was constructed using Quanta and
optimized in an all-trans backbone configuration.是什么意思呢?
6楼2014-03-15 22:36:29
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huachao90

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月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-03-17 18:33:53
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7楼2014-03-15 22:53:22
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huachao90

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8楼2014-03-15 22:54:23
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huachao90

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9楼2014-03-15 22:59:00
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