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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 如何在MS软件中建立CO2分子模型？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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shiling1813

新虫 (小有名气)

[求助] 如何在MS软件中建立CO2分子模型？ 已有1人参与

大家好。我想问个初级问题：如何在MS软件中建立CO2分子模型？

      我的目标是在一个块体区域建立50个CO2分子模型，然后跑分子动力学。
      很惭愧，我刚学习化学知识，一个CO2分子模型也不知道怎么建立。
      看了MS帮助文件和论坛上的一些帖子，好像都是复杂的建模，没看到这么初级的建模啊。
      各位前辈，能给俺个提示指导吗？谢谢！
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1楼 2015-06-20 22:35:05
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

梦梦小呆

木虫 (著名写手)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2015-07-13 07:33:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by shiling1813 at 2015-06-21 11:39:01
多谢！你的回答真是太有用了。我最近就试试。...

你好，问下这个怎么由附图一变到附图二，就是怎么由一个CO2分子变为五十个，附图一中点run就直接运行了，run右边的三角点开还有建结构的选项？
赞一下(1人) 回复此楼
我就是我，是颜色不一样的烟火，天空海阔要做最坚强的泡沫！
5楼2015-06-21 16:45:47
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lalong8400 at 2015-07-12 10:46:14
楼主那你建立50个分子构型之前，对于一个CO2分子不需要进行结构与能量优化么

需要对一个CO2分子进行结构与能量优化，我使用的是Dmol3模块进行优化的。

但有个问题，我使用forcite进行50个CO2分子动力学计算时，发现有些CO2分子的构形不再是直线型的，键角之间的夹角不再是180度，我现在有些困惑啊，不知道是势函数（我用的是compass势）的问题，还是其它的问题？
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9楼2015-07-15 20:10:48
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普通回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shiling1813: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-21 11:55:20
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2015-07-13 07:33:44
画一个碳，连两个氧，构成CO2单体。
然后AC（Amorphous cell）模块，构建一个含有50个CO2的块体。
如何在MS软件中建立CO2分子模型？
附图1.png


如何在MS软件中建立CO2分子模型？-1
附图2.png
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2015-06-21 09:31:50
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-21 09:31:50
画一个碳，连两个氧，构成CO2单体。
然后AC（Amorphous cell）模块，构建一个含有50个CO2的块体。

附图1.png

附图2.png
...

多谢！你的回答真是太有用了。我最近就试试。
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3楼2015-06-21 11:39:01
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-21 09:31:50
画一个碳，连两个氧，构成CO2单体。
然后AC（Amorphous cell）模块，构建一个含有50个CO2的块体。

附图1.png

附图2.png
...

太好了，解决了我的问题。
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4楼2015-06-21 11:55:50
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 梦梦小呆 at 2015-06-21 16:45:47
你好，问下这个怎么由附图一变到附图二，就是怎么由一个CO2分子变为五十个，附图一中点run就直接运行了，run右边的三角点开还有建结构的选项？...

不好意思，刚抽出空回复你。
我最近试了试，好像需要先在AC（Amorphous cell）模块中选constrution选项，然后再选50个周期单元即可。然后如果需要动力学计算，可以选择discover、forcite、或AC（Amorphous cell）模块，均可。
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6楼2015-06-30 21:38:25
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梦梦小呆

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by shiling1813 at 2015-06-30 21:38:25
不好意思，刚抽出空回复你。
我最近试了试，好像需要先在AC（Amorphous cell）模块中选constrution选项，然后再选50个周期单元即可。然后如果需要动力学计算，可以选择discover、forcite、或AC（Amorphous cell） ...

好的，谢谢

[ 发自小木虫客户端 ]
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我就是我，是颜色不一样的烟火，天空海阔要做最坚强的泡沫！
7楼2015-06-30 22:57:01
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lalong8400

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2015-07-13 07:33:56
楼主那你建立50个分子构型之前，对于一个CO2分子不需要进行结构与能量优化么
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lordwillforgiveme
8楼2015-07-12 10:46:14
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lalong8400

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by shiling1813 at 2015-07-15 20:10:48
需要对一个CO2分子进行结构与能量优化，我使用的是Dmol3模块进行优化的。

但有个问题，我使用forcite进行50个CO2分子动力学计算时，发现有些CO2分子的构形不再是直线型的，键角之间的夹角不再是180度，我现在有 ...

我没做过这个倒是，不过会不会是盒子设置问题呢
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lordwillforgiveme
10楼2015-07-17 09:30:16
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