24小时热门版块排行榜    

查看: 3898  |  回复: 14

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!

各位前辈,大家好:
最近在文献上看到三种Au13的团簇,分别如我下面上传的,可我不知道这个怎么在ms中构建,哪位高手会建,主要是详细讲一下建的步骤。
文献对这三种团簇的描述分别如下:
1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1).
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111)

怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!
1.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-1
2.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-2
3.png
回复此楼
好好研究,天天向上!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:00:55
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : cluster.rar
  • 2014-03-26 02:02:02, 4.91 K
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-03-26 02:02:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:02
Dmol很容易手工搭建哪
3楼2014-03-26 09:14:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

前辈,我用的是MS软件,没有安装xsd,所以也打不开这个。我用ms建立了111表面超胞,然后切了第一个图的,前辈你帮我看看对不对?
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-3
111面.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-4
切出来的第一个图.png

好好研究,天天向上!
4楼2014-03-26 10:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个面上具体怎样切出来的?
好好研究,天天向上!
5楼2014-03-26 11:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 11:13:50
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个 ...

cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2014-03-26 22:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
7楼2014-03-26 23:12:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 22:20:28
cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。...

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
8楼2014-03-26 23:14:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 23:14:11
前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金 ...

这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

之后不选择任何原子,意味着全局的设定,将Display style改成球棍,恢复了原来的显示,在选中第一层,改为显示为none,这样就只显示第二第三层。这时从底下往上看(第三层向第一层的方向),刚刚留下的构成三角形的三个原子正好和上面一层7个原子构成的六边形连在一块儿,这一层除了这7个原子,其他原子统统删除。如果出现的不是六边形,那么撤销到刚刚的步骤,改为留下与刚刚那个三角形相邻的三角形,这样第二层留下的就是个六边形。

同样,恢复到球棍模型,休整第一层,留下三个很显然的原子就可以了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
9楼2014-03-27 01:10:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 01:10:31
这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

...

前辈,再一次感谢你,我的这三个模型都做出来了,我现在在文献上看到Ni2到Ni13的这几个已经优化好后的模型图,现在想按照这些形状在ms里建一下它们的初始模型,我不知道该怎么下手,是用sketch atom 这个按钮搭建吗?但是这样的话,我感觉搭建出来的模型特别随意,比如说原来的几条边长都相等,现在不相等了,这样的话会影响优化结果吗?还是不用这个方法搭建,有更好的方法,在Ni的晶胞超胞模型中,用切删原子的方法行不行,还是在别的模型中删那?望前辈指导~
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-5
123.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-6
1234.png

好好研究,天天向上!
10楼2014-03-27 11:30:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小小鑫000 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程321分求调剂 +9 大米饭! 2026-03-15 12/600 2026-03-16 21:59 by 大米饭!
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 344求调剂 +3 knight344 2026-03-16 3/150 2026-03-16 09:42 by 无际的草原
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 312求调剂 +6 陌宸希 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:40 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 0805,333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 工科,求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[考研] 大连大学化学专业研究生调剂 +3 琪久. 2026-03-10 8/400 2026-03-11 10:02 by 琪久.
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见