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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 怎样在MS中建立这三种金属团簇，会建的高手进来！
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:44
引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-27 11:30:53
前辈，再一次感谢你，我的这三个模型都做出来了，我现在在文献上看到Ni2到Ni13的这几个已经优化好后的模型图，现在想按照这些形状在ms里建一下它们的初始模型，我不知道该怎么下手，是用sketch atom 这个按钮 ...

我不确定文献中的团簇结构是不是优化得到的，如果这些结构是优化得到的，那么构建的时候稍微随意些无所谓，因为优化可以得到稳定的结构。如果这些团簇也是从晶体学数据切来的，并且没有进行优化或者由于计算过程constraint了这些坐标，那么还是要按前面的来。总之你可以按照原子数目从大到小逐渐去掉原子。另外，从计算成本来说，肯定是切出来的优化快一些。其实这些问题都不是什么问题，你需要自己摸索。
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小小鑫000
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
11楼2014-03-27 13:23:46
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 13:23:46
我不确定文献中的团簇结构是不是优化得到的，如果这些结构是优化得到的，那么构建的时候稍微随意些无所谓，因为优化可以得到稳定的结构。如果这些团簇也是从晶体学数据切来的，并且没有进行优化或者由于计算过程co ...

多谢前辈，不知道前辈做过Au38的团簇没，下面是文献中对它的描述：
the 38-atom Au cluster，the core of our second particle, has been predicted to assume face-centered cubic structure with a truncated octahedral morphology,Two regions may be distinguished in the cluster, an inner region of six atoms assuming an octahedral arrangement and an outer, surface region of 32 atoms possessing eight (111) and six (100) faces
翻译过来差不多：是一个去除了顶点的8面体，内部是由6个原子组成的8面体，外面是由8个（111）面和6个（100）面组成
这是一些前辈说的：按照2楼说的建立超胞再去掉对称性，之后切原子，你的这篇文献描述的很清楚了，沿着面心立方的八个（111）方向切可以得到八个面，沿着六个（100）方向切得到六个面，实际操作时，每个方向具体切掉多少层是值得注意的
但是我真不知道这是什么意思，前辈麻烦你再清楚详细的解释一下
怎样在MS中建立这三种金属团簇，会建的高手进来！
QQ截图.png
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好好研究，天天向上！
12楼2014-03-28 10:49:15
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:03:46
单胞建立的超胞很显然每个面都是100面，6个面正好是100面。可以从100面下手，先切出100面，从图上看，第一层4个，第二层9个，第三层16个并去掉4个角就是12个，第四层9个第五层4个。所以应该切成100面5层。总共38原子。参看附件。

建模的问题我还是最不善长的，对于怎么模拟我不是很在行，也称不上什么前辈（甚至有可能比你小），这个应该多自己练练。我估计可能有些前辈觉得问题太简单才不来回答的。
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  • 附件 1 : Au(100).xsd
    • 2014-03-29 19:42:01, 27.17 K
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
13楼2014-03-28 19:42:12
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小地雷2014

铜虫 (小有名气)
你好，我也对这个问题比较疑惑，不知道你现在知不知道怎么能弄出Ni13的模型？还请指教
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14楼2014-09-15 17:17:59
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岁花簿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 10:48:23
前辈，我用的是MS软件，没有安装xsd，所以也打不开这个。我用ms建立了111表面超胞，然后切了第一个图的，前辈你帮我看看对不对？

111面.png

切出来的第一个图.png
...

同时菜鸟一枚，这个是怎么切出来的啊
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15楼2014-10-27 17:32:30
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