24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 3661  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!

各位前辈,大家好:
最近在文献上看到三种Au13的团簇,分别如我下面上传的,可我不知道这个怎么在ms中构建,哪位高手会建,主要是详细讲一下建的步骤。
文献对这三种团簇的描述分别如下:
1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1).
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111)

怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!
1.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-1
2.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-2
3.png
回复此楼
好好研究,天天向上!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

前辈,我用的是MS软件,没有安装xsd,所以也打不开这个。我用ms建立了111表面超胞,然后切了第一个图的,前辈你帮我看看对不对?
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-3
111面.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-4
切出来的第一个图.png

好好研究,天天向上!
4楼2014-03-26 10:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个面上具体怎样切出来的?
好好研究,天天向上!
5楼2014-03-26 11:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
7楼2014-03-26 23:12:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 22:20:28
cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。...

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
8楼2014-03-26 23:14:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 01:10:31
这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

...

前辈,再一次感谢你,我的这三个模型都做出来了,我现在在文献上看到Ni2到Ni13的这几个已经优化好后的模型图,现在想按照这些形状在ms里建一下它们的初始模型,我不知道该怎么下手,是用sketch atom 这个按钮搭建吗?但是这样的话,我感觉搭建出来的模型特别随意,比如说原来的几条边长都相等,现在不相等了,这样的话会影响优化结果吗?还是不用这个方法搭建,有更好的方法,在Ni的晶胞超胞模型中,用切删原子的方法行不行,还是在别的模型中删那?望前辈指导~
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-5
123.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-6
1234.png

好好研究,天天向上!
10楼2014-03-27 11:30:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 13:23:46
我不确定文献中的团簇结构是不是优化得到的,如果这些结构是优化得到的,那么构建的时候稍微随意些无所谓,因为优化可以得到稳定的结构。如果这些团簇也是从晶体学数据切来的,并且没有进行优化或者由于计算过程co ...

多谢前辈,不知道前辈做过Au38的团簇没,下面是文献中对它的描述:
the 38-atom Au cluster,the core of our second particle, has been predicted to assume face-centered cubic structure with a truncated octahedral morphology,Two regions may be distinguished in the cluster, an inner region of six atoms assuming an octahedral arrangement and an outer, surface region of 32 atoms possessing eight (111) and six (100) faces
翻译过来差不多:是一个去除了顶点的8面体,内部是由6个原子组成的8面体,外面是由8个(111)面和6个(100)面组成
这是一些前辈说的:按照2楼说的建立超胞再去掉对称性,之后切原子,你的这篇文献描述的很清楚了,沿着面心立方的八个(111)方向切可以得到八个面,沿着六个(100)方向切得到六个面,实际操作时,每个方向具体切掉多少层是值得注意的
但是我真不知道这是什么意思,前辈麻烦你再清楚详细的解释一下
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-7
QQ截图.png

好好研究,天天向上!
12楼2014-03-28 10:49:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小小鑫000 的主题更新
信息提示
请填处理意见