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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!

各位前辈,大家好:
最近在文献上看到三种Au13的团簇,分别如我下面上传的,可我不知道这个怎么在ms中构建,哪位高手会建,主要是详细讲一下建的步骤。
文献对这三种团簇的描述分别如下:
1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1).
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111)

怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!
1.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-1
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怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-2
3.png
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:00:55
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

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  • 2014-03-26 02:02:02, 4.91 K
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2楼2014-03-26 02:02:08
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:02
Dmol很容易手工搭建哪
3楼2014-03-26 09:14:35
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普通回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

前辈,我用的是MS软件,没有安装xsd,所以也打不开这个。我用ms建立了111表面超胞,然后切了第一个图的,前辈你帮我看看对不对?
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-3
111面.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-4
切出来的第一个图.png

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4楼2014-03-26 10:48:23
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个面上具体怎样切出来的?
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5楼2014-03-26 11:13:50
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 11:13:50
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个 ...

cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。
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6楼2014-03-26 22:20:28
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

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7楼2014-03-26 23:12:21
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 22:20:28
cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。...

前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金币了~

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8楼2014-03-26 23:14:11
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 23:14:11
前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金 ...

这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

之后不选择任何原子,意味着全局的设定,将Display style改成球棍,恢复了原来的显示,在选中第一层,改为显示为none,这样就只显示第二第三层。这时从底下往上看(第三层向第一层的方向),刚刚留下的构成三角形的三个原子正好和上面一层7个原子构成的六边形连在一块儿,这一层除了这7个原子,其他原子统统删除。如果出现的不是六边形,那么撤销到刚刚的步骤,改为留下与刚刚那个三角形相邻的三角形,这样第二层留下的就是个六边形。

同样,恢复到球棍模型,休整第一层,留下三个很显然的原子就可以了。

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9楼2014-03-27 01:10:31
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小小鑫000

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送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 01:10:31
这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

...

前辈,再一次感谢你,我的这三个模型都做出来了,我现在在文献上看到Ni2到Ni13的这几个已经优化好后的模型图,现在想按照这些形状在ms里建一下它们的初始模型,我不知道该怎么下手,是用sketch atom 这个按钮搭建吗?但是这样的话,我感觉搭建出来的模型特别随意,比如说原来的几条边长都相等,现在不相等了,这样的话会影响优化结果吗?还是不用这个方法搭建,有更好的方法,在Ni的晶胞超胞模型中,用切删原子的方法行不行,还是在别的模型中删那?望前辈指导~
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-5
123.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-6
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10楼2014-03-27 11:30:53
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