24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 3654  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!

各位前辈,大家好:
最近在文献上看到三种Au13的团簇,分别如我下面上传的,可我不知道这个怎么在ms中构建,哪位高手会建,主要是详细讲一下建的步骤。
文献对这三种团簇的描述分别如下:
1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1).
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111)

怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!
1.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-1
2.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-2
3.png
回复此楼
好好研究,天天向上!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:00:55
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : cluster.rar
  • 2014-03-26 02:02:02, 4.91 K
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-03-26 02:02:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 11:13:50
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
前辈,第二个模型里,他说的with (111) side facets是什么意思,这个图具体从哪个 ...

cleave surface把层数调整厚一些,比如3就足够了,因为最大的那个3-7-3就是3层,两层的9-4可以删去一层。第二个模型实际上上下都是100的面,建议从100切可能更方便。111指的是那个面原子的排列和111面是一致的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2014-03-26 22:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-26 23:14:11
前辈,真是太谢谢你了,在你的指导下,我终于懂那么点意思了,但是第三个,我还是切不出来,我按照你的建了三层111面,但是怎么也看不出到底怎么切出那个形状,还望前辈指导~前辈,你这次应助回复,我就可以给你金 ...

这样吧,教你个懒办法,先选中上面两层,在Display style-Display style中显示方式选择为none,这样上面两层就不显示了,在第三层(显示的这层)靠中间一些选取三个相邻的(构成三角形的)原子,其他的全删掉。

之后不选择任何原子,意味着全局的设定,将Display style改成球棍,恢复了原来的显示,在选中第一层,改为显示为none,这样就只显示第二第三层。这时从底下往上看(第三层向第一层的方向),刚刚留下的构成三角形的三个原子正好和上面一层7个原子构成的六边形连在一块儿,这一层除了这7个原子,其他原子统统删除。如果出现的不是六边形,那么撤销到刚刚的步骤,改为留下与刚刚那个三角形相邻的三角形,这样第二层留下的就是个六边形。

同样,恢复到球棍模型,休整第一层,留下三个很显然的原子就可以了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
9楼2014-03-27 01:10:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:44
引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-27 11:30:53
前辈,再一次感谢你,我的这三个模型都做出来了,我现在在文献上看到Ni2到Ni13的这几个已经优化好后的模型图,现在想按照这些形状在ms里建一下它们的初始模型,我不知道该怎么下手,是用sketch atom 这个按钮 ...

我不确定文献中的团簇结构是不是优化得到的,如果这些结构是优化得到的,那么构建的时候稍微随意些无所谓,因为优化可以得到稳定的结构。如果这些团簇也是从晶体学数据切来的,并且没有进行优化或者由于计算过程constraint了这些坐标,那么还是要按前面的来。总之你可以按照原子数目从大到小逐渐去掉原子。另外,从计算成本来说,肯定是切出来的优化快一些。其实这些问题都不是什么问题,你需要自己摸索。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
11楼2014-03-27 13:23:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:03:46
单胞建立的超胞很显然每个面都是100面,6个面正好是100面。可以从100面下手,先切出100面,从图上看,第一层4个,第二层9个,第三层16个并去掉4个角就是12个,第四层9个第五层4个。所以应该切成100面5层。总共38原子。参看附件。

建模的问题我还是最不善长的,对于怎么模拟我不是很在行,也称不上什么前辈(甚至有可能比你小),这个应该多自己练练。我估计可能有些前辈觉得问题太简单才不来回答的。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Au(100).xsd
  • 2014-03-29 19:42:01, 27.17 K
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
13楼2014-03-28 19:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小小鑫000 的主题更新
信息提示
请填处理意见