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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!

各位前辈,大家好:
最近在文献上看到三种Au13的团簇,分别如我下面上传的,可我不知道这个怎么在ms中构建,哪位高手会建,主要是详细讲一下建的步骤。
文献对这三种团簇的描述分别如下:
1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1).
2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets
3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111)

怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!
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怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-1
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怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-2
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-27 13:23:46
我不确定文献中的团簇结构是不是优化得到的,如果这些结构是优化得到的,那么构建的时候稍微随意些无所谓,因为优化可以得到稳定的结构。如果这些团簇也是从晶体学数据切来的,并且没有进行优化或者由于计算过程co ...

多谢前辈,不知道前辈做过Au38的团簇没,下面是文献中对它的描述:
the 38-atom Au cluster,the core of our second particle, has been predicted to assume face-centered cubic structure with a truncated octahedral morphology,Two regions may be distinguished in the cluster, an inner region of six atoms assuming an octahedral arrangement and an outer, surface region of 32 atoms possessing eight (111) and six (100) faces
翻译过来差不多:是一个去除了顶点的8面体,内部是由6个原子组成的8面体,外面是由8个(111)面和6个(100)面组成
这是一些前辈说的:按照2楼说的建立超胞再去掉对称性,之后切原子,你的这篇文献描述的很清楚了,沿着面心立方的八个(111)方向切可以得到八个面,沿着六个(100)方向切得到六个面,实际操作时,每个方向具体切掉多少层是值得注意的
但是我真不知道这是什么意思,前辈麻烦你再清楚详细的解释一下
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-3
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12楼2014-03-28 10:49:15
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:00:55
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

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  • 附件 1 : cluster.rar
  • 2014-03-26 02:02:02, 4.91 K
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-03-26 02:02:08
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-31 22:01:02
Dmol很容易手工搭建哪
3楼2014-03-26 09:14:35
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-26 02:02:08
导入Au的cif,cleave111表面,建立成supercell,然后手动切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。
我不知道你用什么程序,我就带着xsd附件上来。

前辈,我用的是MS软件,没有安装xsd,所以也打不开这个。我用ms建立了111表面超胞,然后切了第一个图的,前辈你帮我看看对不对?
怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-4
111面.png


怎样在MS中建立这三种金属团簇,会建的高手进来!-5
切出来的第一个图.png

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4楼2014-03-26 10:48:23
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