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leslie306

新虫 (小有名气)

[求助] [请教]关于用MS建立晶体模型的若干问题

各位大侠高手,我不是做化学方面的,要利用Dmol3计算下某些晶体的频率情况。最近看了一些关于MS的教程。有几个问题,可能比较外行,望知道的同学不吝赐教。
我想计算萘Naphthalene晶体的频率-吸收特性。在MS自带的一些物质中,有萘,但帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1339385中说,这个是单斜晶胞。于是我又学论坛中的方法来建立晶体模型,主要学习和使用如下两篇帖子的方法http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1967925和muchong.com/html/201107/3421244.html
但是获得的结果,总感觉不大正确,因为例子中的物质不是有机物分子晶体,所以我觉得我依葫芦画瓢做的不一定对。
想请教下,建立晶体的各步骤中的参数应该怎么设置比较合适。
第一步Built——surface——cleave surface,cleave我选的是-1 0 0(不知道对不对),thickness原子层厚度这里两个数值应该怎么设置比较好呢?
第二步Symmetry——supercell,这里有ABC三个range,还是如何设置比较好?
最后,Vacuum thickness选择多少比较合适?
希望各位帮帮忙,万分感激。
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伊点若天

金虫 (小有名气)

这个在相关文献的第二部分中应该有介绍吧,你去查阅关于这个晶体相关的第一性原理类的文献,文献中应该会有晶胞大小等模型的建立介绍。
2楼2013-07-02 14:41:43
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leslie306

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 伊点若天 at 2013-07-02 14:41:43
这个在相关文献的第二部分中应该有介绍吧,你去查阅关于这个晶体相关的第一性原理类的文献,文献中应该会有晶胞大小等模型的建立介绍。

谢谢回复,想问下,比如我要找萘的第一性原理的文献,关键词除了有Naphthalene,还应该写什么?我不是这个方面的,所以在检索的时候,也不清楚设置什么关键词,你们一般都怎么设置?谢谢
3楼2013-07-02 14:48:10
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伊点若天

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by leslie306 at 2013-07-02 14:48:10
谢谢回复,想问下,比如我要找萘的第一性原理的文献,关键词除了有Naphthalene,还应该写什么?我不是这个方面的,所以在检索的时候,也不清楚设置什么关键词,你们一般都怎么设置?谢谢...

你可以再加上ab-initio,first-principles来搜索相关文献,或者看看有没有theoretical study of Naphthalene...之类的。
4楼2013-07-03 09:08:17
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leslie306

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 伊点若天 at 2013-07-03 09:08:17
你可以再加上ab-initio,first-principles来搜索相关文献,或者看看有没有theoretical study of Naphthalene...之类的。...

谢谢,我这就查查。昨晚又建了个比较顺眼的,谢谢你
5楼2013-07-03 09:41:42
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伊点若天

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by leslie306 at 2013-07-03 09:41:42
谢谢,我这就查查。昨晚又建了个比较顺眼的,谢谢你...

不客气,我也是刚接触这方面的计算,互相学习。
6楼2013-07-03 11:14:18
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