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gong_107

金虫 (小有名气)

[求助] 请问如何构建出图中的结构

请问用什么模块或者方式能够如何构建出图中的结构, 这是一个举例,在TiO2金红石(110)表面放入了一个蛋白分子,这个放进去的过程是如何实现的?
TiO2(110)表面构建好了,蛋白分子也构建好了,接下来该如何操作,实在不会,希望高手指导,万分感谢!
请问如何构建出图中的结构
1.jpg
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DFPT

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
gong_107: 金币+100, 有帮助 2013-06-12 22:01:59
假设LZ建立分子和表面两个模型分别在1.xsd和2.xsd中。
1, 打开1.xsd,选中整个分子模型,然后Ctrl+C,或者右键选择复制;
2,打开2.xsd,直接点Ctrl+V,或者右键选择粘贴;
3,不要点其他键的前提下,可以看到拷贝到2.xsd的分子依然是选中状态(全部显示为黄色),使用MS中的移动工具,将其移动到需要的位置(当然,也可做旋转)。
请问如何构建出图中的结构-1
010-8393-9164
2楼2013-06-12 20:35:21
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gong_107

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by DFPT at 2013-06-12 21:35:21
假设LZ建立分子和表面两个模型分别在1.xsd和2.xsd中。
1, 打开1.xsd,选中整个分子模型,然后Ctrl+C,或者右键选择复制;
2,打开2.xsd,直接点Ctrl+V,或者右键选择粘贴;
3,不要点其他键的前提下,可以看到拷 ...

你好,我也是这样认为的,可是每次粘贴的时候总出现这个对话框而不能粘贴成功,这什么情况?
请问如何构建出图中的结构-2
2.jpg

3楼2013-06-12 21:33:54
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gong_107

金虫 (小有名气)

刚在google里搜了一下 居然说是有道的原因,它与MS5.5和以上的版本不兼容,我用的是5.5版本,把有道关了重启下MS就可以了,晕倒!
4楼2013-06-12 22:01:29
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DFPT

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by gong_107 at 2013-06-12 21:33:54
你好,我也是这样认为的,可是每次粘贴的时候总出现这个对话框而不能粘贴成功,这什么情况?

2.jpg
...

LZ没有仔细看我说的话,第一步是选择分子模型再复制粘贴,而不是直接什么都不选择就直接复制粘贴。
详细来说:
下面是建立的两个模型(当然,为了简单,就用了个乙烷代替好了):
请问如何构建出图中的结构-3
1,选择模型,这是分子模型都显示为黄色:
请问如何构建出图中的结构-4
2,复制小分子到平面模型中,可以看到左下角有复制过去的小分子:
请问如何构建出图中的结构-5
3,把小分子移动到需要的位置:
请问如何构建出图中的结构-6
这里需要讨论一下小分子模型的建模方式问题了
孤立的分子模型,有两种建模方式,一种是就是孤立分子,另一种是在一个大的盒子内的分子。其中第二种模型还是周期模型的,只不过是由于盒子很大,分子之间没有相互作用,近似认为是孤立的。
LZ的问题就出在模型是第二种上。这时,又有两种方法来复制粘贴小分子模型。
方法一,选中分子模型(显示为黄色),然后复制粘贴:
请问如何构建出图中的结构-7
请问如何构建出图中的结构-8
请问如何构建出图中的结构-9
方法二,将盒子分子模型变成孤立分子模型,然后复制粘贴如本回帖开头的步骤:
请问如何构建出图中的结构-10
010-8393-9164
5楼2013-06-12 22:08:02
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DFPT

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gong_107 at 2013-06-12 22:01:29
刚在google里搜了一下 居然说是有道的原因,它与MS5.5和以上的版本不兼容,我用的是5.5版本,把有道关了重启下MS就可以了,晕倒!

我也晕~不过还是强烈建议LZ的操作上也注意一下,是否有操作上的失误,虽然有道词典可能跟MS 5.5有冲突,但是不确定一定就有这样的复制问题。并且这个复制问题说得很清楚,不能把两个周期结构进行复制粘贴。
010-8393-9164
6楼2013-06-12 22:10:22
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mingtao

金虫 (小有名气)

re啊re,不行就建一个non-periodic的结构。在build-菜单下。
7楼2013-06-12 23:34:15
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gong_107

金虫 (小有名气)

送红花一朵
十分感谢 DFPT
8楼2013-06-13 07:52:56
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