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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
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Gaoxiguang

木虫 (正式写手)

[交流] Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ 已有6人参与

Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
dump命理只输出ID 和xyz坐标
dump output all custom 100 dump.grap id type x y z
导入VMD后默认显示线，是这样的，乱七八糟。
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg
在vmd里用点显示如下
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg

是正常的。dump文件里并没有指定原子之间的键，所以我猜这些乱七八糟的线是VMD自己加的。

求教，如何在VMD里显示键连接？或者dump出的文件还要加什么数据。谢啦。

Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
线.jpg


Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？-1
点.jpg
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无志者常立志，有志者立长志！
1楼 2015-06-10 06:39:27
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate write psf  input.psf           #生成psf文件

然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。

我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2015-06-10 08:06:37
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Gaoxiguang

木虫 (正式写手)
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433951031_510.jpg
Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？-2
成功.jpg
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无志者常立志，有志者立长志！
3楼2015-06-10 23:43:59
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haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主是怎么做到的？

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-10-03 19:04:57
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wuqiqilwj

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Gaoxiguang at 2015-06-10 23:43:59
http://image.keyan.cc/data/bcs/2015/0610/w133h503881_1433951031_510.jpg

成功.jpg

楼主你怎么做到的，能请教一下吗
赞一下 回复此楼
5楼2016-04-25 11:26:54
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yanchou
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

赞
6楼2017-12-11 14:54:10
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l532982747

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

谢谢！
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7楼2018-06-22 10:00:22
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计算化学

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by l532982747 at 2018-06-22 10:00:22
谢谢！...

楼主，我只会用命令生成pdf文件，但是我用topo readlammpsdata 1.psf打不开。楼主能不能告诉我【然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。】这两句话怎么办来着，谢谢楼主！
赞一下 回复此楼
8楼2018-08-15 14:44:28
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yuan_xjtu

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

请问为什么我输入
topo readlammpsdata input.data  之后，
显示
ERROR) readlammpsdata: problem opening data file: couldn't open "network.data": no such file or directory
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9楼2018-11-06 10:47:05
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