[交流] Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？已有6人参与

无志者常立志，有志者立长志！

1楼2015-06-10 06:39:27

lsloneil

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Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34

尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件（姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data #读取data文件
animate write psf input.psf #生成psf文件

然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。

我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。

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2楼2015-06-10 08:06:37

http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433951031_510.jpg

Gaoxiguang

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3楼2015-06-10 23:43:59

haiyuntianya

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楼主是怎么做到的？

发自小木虫Android客户端

4楼2015-10-03 19:04:57

wuqiqilwj

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引用回帖:

3楼: Originally posted by Gaoxiguang at 2015-06-10 23:43:59
http://image.keyan.cc/data/bcs/2015/0610/w133h503881_1433951031_510.jpg

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楼主你怎么做到的，能请教一下吗

5楼2016-04-25 11:26:54

yanchou

引用回帖:

2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件（姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data #读取data文件
animate wri ...

6楼2017-12-11 14:54:10

l532982747

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谢谢！

7楼2018-06-22 10:00:22

计算化学

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引用回帖:

7楼: Originally posted by l532982747 at 2018-06-22 10:00:22
谢谢！...

楼主，我只会用命令生成pdf文件，但是我用topo readlammpsdata 1.psf打不开。楼主能不能告诉我【然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。】这两句话怎么办来着，谢谢楼主！

8楼2018-08-15 14:44:28

yuan_xjtu

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引用回帖:

请问为什么我输入
topo readlammpsdata input.data 之后，
显示
ERROR) readlammpsdata: problem opening data file: couldn't open "network.data": no such file or directory

9楼2018-11-06 10:47:05