应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 5331  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Gaoxiguang

木虫 (正式写手)

[交流] Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ 已有6人参与

Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
dump命理只输出ID 和xyz坐标
dump output all custom 100 dump.grap id type x y z
导入VMD后默认显示线，是这样的，乱七八糟。
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg
在vmd里用点显示如下
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg

是正常的。dump文件里并没有指定原子之间的键，所以我猜这些乱七八糟的线是VMD自己加的。

求教，如何在VMD里显示键连接？或者dump出的文件还要加什么数据。谢啦。

Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
线.jpg


Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？-1
点.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

关于Lammps 精华

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
无志者常立志，有志者立长志！
1楼 2015-06-10 06:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate write psf  input.psf           #生成psf文件

然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。

我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2015-06-10 08:06:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gaoxiguang

木虫 (正式写手)
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433951031_510.jpg
Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？-2
成功.jpg
赞一下(1人) 回复此楼
无志者常立志，有志者立长志！
3楼2015-06-10 23:43:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主是怎么做到的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-10-03 19:04:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuqiqilwj

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Gaoxiguang at 2015-06-10 23:43:59
http://image.keyan.cc/data/bcs/2015/0610/w133h503881_1433951031_510.jpg

成功.jpg

楼主你怎么做到的，能请教一下吗
赞一下 回复此楼
5楼2016-04-25 11:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanchou
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

赞
6楼2017-12-11 14:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

l532982747

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

谢谢！
回复此楼
7楼2018-06-22 10:00:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

计算化学

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by l532982747 at 2018-06-22 10:00:22
谢谢！...

楼主，我只会用命令生成pdf文件，但是我用topo readlammpsdata 1.psf打不开。楼主能不能告诉我【然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。】这两句话怎么办来着，谢谢楼主！
赞一下 回复此楼
8楼2018-08-15 14:44:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuan_xjtu

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-10 08:06:37
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data    #读取data文件
animate wri ...

请问为什么我输入
topo readlammpsdata input.data  之后，
显示
ERROR) readlammpsdata: problem opening data file: couldn't open "network.data": no such file or directory
赞一下 回复此楼
9楼2018-11-06 10:47:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Gaoxiguang 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-29 5/250 2026-03-29 16:46 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 田洪有 2026-03-26 11/550 2026-03-29 13:14 by peike
[考研] 332求调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[考研] 0856求调剂 +13 zhn03 2026-03-25 14/700 2026-03-29 08:13 by fmesaito
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 0703一志愿9，初试成绩：338，四六级已过，有科研经历，求调剂！ +4 Zuhui0306 2026-03-25 4/200 2026-03-28 13:07 by 唐沐儿
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分，英语已过四六级，六级521，求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 0703化学338求调剂！ +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭