| 查看: 5608 | 回复: 8 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
Gaoxiguang木虫 (正式写手)
|
[交流]
Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ 已有6人参与
|
||||
|
Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ dump命理只输出ID 和xyz坐标 dump output all custom 100 dump.grap id type x y z 导入VMD后默认显示线，是这样的，乱七八糟。 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg 在vmd里用点显示如下 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg 是正常的。dump文件里并没有指定原子之间的键，所以我猜这些乱七八糟的线是VMD自己加的。 求教，如何在VMD里显示键连接？或者dump出的文件还要加什么数据。谢啦。  线.jpg  点.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 关于Lammps | 精华 |
» 猜你喜欢
梦想
已经有8人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么国自然不能直接公布
已经有5人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于VMD批量导入的问题
已经有13人回复
- lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
已经有10人回复
- LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
- lammps中tools的lmp2VMD
已经有11人回复
- 用VMD导入lammpstrj，可是不可用，显示有错
已经有8人回复
- dump出文件显示问题
已经有16人回复
- dump 输出原子名称
已经有6人回复
9楼2018-11-06 10:47:05
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34
|
尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data) VMD -> Extensions -> Tk Console 输入 topo readlammpsdata input.data #读取data文件 animate write psf input.psf #生成psf文件 然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。 我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。 |
2楼2015-06-10 08:06:37
Gaoxiguang
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3320.1
- 散金: 280
- 红花: 2
- 帖子: 318
- 在线: 134.1小时
- 虫号: 503881
- 注册: 2008-02-15
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属基复合材料
3楼2015-06-10 23:43:59
haiyuntianya
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 191.6
- 散金: 75
- 帖子: 167
- 在线: 102.1小时
- 虫号: 2105851
- 注册: 2012-11-04
- 性别: GG
- 专业: 粘合剂
4楼2015-10-03 19:04:57
投票:
30