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Gaoxiguang木虫 (正式写手)
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Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ 已有6人参与
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Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？ dump命理只输出ID 和xyz坐标 dump output all custom 100 dump.grap id type x y z 导入VMD后默认显示线，是这样的，乱七八糟。 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg 在vmd里用点显示如下 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg 是正常的。dump文件里并没有指定原子之间的键，所以我猜这些乱七八糟的线是VMD自己加的。 求教，如何在VMD里显示键连接？或者dump出的文件还要加什么数据。谢啦。  线.jpg  点.jpg |
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haiyuntianya
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尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件 （姑且叫做input.data) VMD -> Extensions -> Tk Console 输入 topo readlammpsdata input.data #读取data文件 animate write psf input.psf #生成psf文件 然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。 我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。 |
2楼2015-06-10 08:06:37
Gaoxiguang
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