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Gaoxiguang

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[交流] Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？已有6人参与

Lammps用dump命令导出的计算结果怎么在VMD里显示键连接？
dump命理只输出ID 和xyz坐标
dump output all custom 100 dump.grap id type x y z
导入VMD后默认显示线，是这样的，乱七八糟。
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg
在vmd里用点显示如下
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg

是正常的。dump文件里并没有指定原子之间的键，所以我猜这些乱七八糟的线是VMD自己加的。

求教，如何在VMD里显示键连接？或者dump出的文件还要加什么数据。谢啦。

线.jpg

点.jpg

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无志者常立志，有志者立长志！

1楼2015-06-10 06:39:27

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计算化学

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

7楼: Originally posted by l532982747 at 2018-06-22 10:00:22
谢谢！...

楼主，我只会用命令生成pdf文件，但是我用topo readlammpsdata 1.psf打不开。楼主能不能告诉我【然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。】这两句话怎么办来着，谢谢楼主！

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8楼2018-08-15 14:44:28

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lsloneil

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Gaoxiguang: 金币+5, 太赞了，感激之情无以言表！！！ 2015-06-10 23:25:34

尝试以下操作，前提是你有一个对应你的系统的lammps data 文件（姑且叫做input.data)

VMD -> Extensions -> Tk Console

输入
topo readlammpsdata input.data #读取data文件
animate write psf input.psf #生成psf文件

然后重新打开VMD，先用VMD打开生成的psf文件，再打开你的dump文件。

我印象中这样可以显示成键信息，不过很久没试过了。如果不行的话你再想其他办法。

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2楼2015-06-10 08:06:37

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