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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 静电作用的截断半径
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po390

金虫 (小有名气)

[交流] 静电作用的截断半径

各位大神，目前我想使用NAMD重复一个grmoacs软件的模拟，但在grmaocs软件中静电及范德华作用的截断半径可以分别设置，但在NAMD中只有一个cutoff参数进行设置，且静电及范德华作用的截断半径只能设为一样。有什么办法可以在NAMD中分别设置静电及范德华作用的截断半径？
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1楼 2015-06-08 22:18:43
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po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by sciencejoy at 2015-06-09 15:10:23
静电相互作用是长程相互作用，干嘛截断？截断就不对了

这个我不太懂，我看的文献中都提到了对静电作用的截断半径，NAMD手册中对cutoff的介绍是 local interaction distance common to both electrostatic and van der Waals calculations，但我想做的是想grmaocs一样electrostatic与van der Waals的cutoff分别设置，请问这可以实现吗
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16楼2015-06-09 15:57:59
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dmbb
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2楼2015-06-08 22:28:35
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jixiangbao
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3楼2015-06-08 22:29:18
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jixiangbao
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4楼2015-06-08 22:29:27
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木~木~呆

木虫 (职业作家)
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5楼2015-06-08 22:29:53
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gorgan

木虫之王 (文学泰斗)
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祝福

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6楼2015-06-08 22:30:02
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木~木~呆

木虫 (职业作家)
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7楼2015-06-08 22:30:05
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gorgan

木虫之王 (文学泰斗)

无意苦争春
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祝好啊

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无我相，无人相，无众生相，无寿者相
8楼2015-06-08 22:30:13
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100102216
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9楼2015-06-08 22:30:18
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100102216
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10楼2015-06-08 22:30:26
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