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lightno1

金虫 (小有名气)

[求助] 如何将真核基因序列翻译为氨基酸序列 已有4人参与

本人有1条由植物基因组克隆获得的核苷酸序列，如何翻译为氨基酸序列，序列中包含的内含子如何去除。求各位大神指导。
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1楼 2015-05-27 21:47:36
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把蛋白表达出来，在蛋白测序。

[ 发自小木虫客户端 ]
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采菊东篱下，悠然见南山。
2楼2015-05-28 00:25:13
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先内含子识别，然后外显子拼接，再翻译CDS区域。
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3楼2015-05-28 08:24:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lightno1: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-06-01 10:28:34
最简单的方法是做blastX，真核生物的话，在NCBI里有不少同源基因，找到同源基因后参考同源基因做翻译。也可以用笨一点的方法：把序列分6个（正向3个、反向互补后3个）开放阅读框翻译成6个蛋白，内含子一同翻译也不要紧，然后拿翻译好的蛋白到NCBI做blastp，如果是真核基因，终究会在NCBI里找到同源基因，然后在根据同源基因翻译。
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4楼2015-05-28 10:23:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最简单的方法是用FGENESH做基因结构识别分析。http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind。参考物种选择与你物种亲缘关系近的，预测结果中有外显子、内含子位置，CDS序列，编码蛋白序列等信息。
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5楼2015-05-28 14:39:28
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lightno1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-28 10:23:36
最简单的方法是做blastX，真核生物的话，在NCBI里有不少同源基因，找到同源基因后参考同源基因做翻译。也可以用笨一点的方法：把序列分6个（正向3个、反向互补后3个）开放阅读框翻译成6个蛋白，内含子一同翻译也不要 ...

谢谢 您的回答，我已经询问了genbank，就是让blast然后根据已发表的序列分析自己的序列。
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6楼2015-06-01 10:30:08
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