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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lightno1

金虫 (小有名气)

[求助] 如何将真核基因序列翻译为氨基酸序列 已有4人参与

本人有1条由植物基因组克隆获得的核苷酸序列,如何翻译为氨基酸序列,序列中包含的内含子如何去除。求各位大神指导。
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把蛋白表达出来,在蛋白测序。

[ 发自小木虫客户端 ]
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2015-05-28 00:25:13
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
先内含子识别,然后外显子拼接,再翻译CDS区域。
3楼2015-05-28 08:24:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lightno1: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-06-01 10:28:34
最简单的方法是做blastX,真核生物的话,在NCBI里有不少同源基因,找到同源基因后参考同源基因做翻译。也可以用笨一点的方法:把序列分6个(正向3个、反向互补后3个)开放阅读框翻译成6个蛋白,内含子一同翻译也不要紧,然后拿翻译好的蛋白到NCBI做blastp,如果是真核基因,终究会在NCBI里找到同源基因,然后在根据同源基因翻译。
4楼2015-05-28 10:23:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
最简单的方法是用FGENESH做基因结构识别分析。http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind。参考物种选择与你物种亲缘关系近的,预测结果中有外显子、内含子位置,CDS序列,编码蛋白序列等信息。
5楼2015-05-28 14:39:28
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lightno1

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-28 10:23:36
最简单的方法是做blastX,真核生物的话,在NCBI里有不少同源基因,找到同源基因后参考同源基因做翻译。也可以用笨一点的方法:把序列分6个(正向3个、反向互补后3个)开放阅读框翻译成6个蛋白,内含子一同翻译也不要 ...

谢谢 您的回答,我已经询问了genbank,就是让blast然后根据已发表的序列分析自己的序列。
6楼2015-06-01 10:30:08
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