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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于MS建模中取代盒子特定区域的溶剂分子的方法
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横刀

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于MS建模中取代盒子特定区域的溶剂分子的方法 已有1人参与

文献中的建模方法如下所述。请问各位高手，用烷烃油滴取代盒子中心球形区域内的CO2分子是怎么做到的？如能解惑，不胜感激！

关于MS建模中取代盒子特定区域的溶剂分子的方法
无标题.jpg


关于MS建模中取代盒子特定区域的溶剂分子的方法-1
无标题2.jpg
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1楼 2015-05-26 20:52:08
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

邺城独客

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
横刀: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-05-28 09:57:37
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形成的球形空缺处即可。
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2楼2015-05-26 21:05:48
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邺城独客

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
横刀: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-05-28 09:57:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by 横刀 at 2015-05-27 09:21:27
请问如何做球形区域并选中里面的CO2呢...

先选中中心处的一个原子，再Edit--Atom Selection，将select by property设置成Radial Distance,半径设为20A，选择Within，再点击select。在盒子里面这样操作可能会出现提示对话框，楼主可以试一下。。
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5楼2015-05-27 11:24:30
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普通回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
比较好奇球形的团簇怎么构建
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-05-27 08:27:03
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横刀

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-26 21:05:48
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形 ...

请问如何做球形区域并选中里面的CO2呢
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4楼2015-05-27 09:21:27
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横刀

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-27 11:24:30
先选中中心处的一个原子，再Edit--Atom Selection，将select by property设置成Radial Distance,半径设为20A，选择Within，再点击select。在盒子里面这样操作可能会出现提示对话框，楼主可以试一下。。...

那怎么选中心处的原子呢？
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6楼2015-05-27 16:07:20
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-26 21:05:48
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形 ...

关于你说的把球形团簇复制粘贴到原球形空缺处，我复制粘贴后它并不在那个空缺处，难道只能通过上下左右移动使它到那个球形区域？那怎么保证它能够准确地在那个位置？
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7楼2017-09-15 15:19:22
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-26 21:05:48
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形 ...

关于你说的把球形团簇复制粘贴到原球形空缺处，我复制粘贴后它并不在那个空缺处，难道只能通过上下左右移动使它到那个球形区域？那怎么保证它能够准确地在那个位置？
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8楼2017-09-15 15:19:29
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-26 21:05:48
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形 ...

关于你说的把球形团簇复制粘贴到原球形空缺处，我复制粘贴后它并不在那个空缺处，难道只能通过上下左右移动使它到那个球形区域？那怎么保证它能够准确地在那个位置？
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9楼2017-09-15 15:19:35
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 邺城独客 at 2015-05-26 21:05:48
使用Atom selection 先选定CO2盒子中心的一个原子，然后以这个原子为中心，以20A为半径作球形区域，再将选中的球形区域的CO2分子全部delete，然后构建一个半径为20A的烷烃球形团簇，复制粘贴到原先删除CO2分子后所形 ...

关于你说的把球形团簇复制粘贴到原球形空缺处，我复制粘贴后它并不在那个空缺处，难道只能通过上下左右移动使它到那个球形区域？那怎么保证它能够准确地在那个位置？
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10楼2017-09-15 15:19:45
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